一、肠道致病菌的流行趋势调查（论文文献综述）
米魁[1]（2021）在《2015～2019年长春市食源性疾病监测结果分析》文中指出目的:明确2015～2019年长春市食源性疾病监测病例基本情况、症状、可疑暴露食品的构成情况,分析食源性致病菌主动监测的结果,探索长春市食源性疾病发生的规律,为食源性疾病的预防控制提供基础数据和科学依据。方法:1.在国家食源性疾病监测报告系统中调取长春市医疗机构2015～2019年报告的食源性疾病监测病例数据,包括患者的基本信息、诊疗信息、可疑食品暴露信息、生物标本中主动监测的致病微生物检测结果等。2.应用Excel 2010软件建立数据库,使用IBM SPSS 24.0软件进行数据的处理与分析。对性别、年龄、职业、发病年、发病月、症状等分类变量描述构成情况;病例潜伏期用M(P25,P75)描述集中及离散趋势。用χ2检验或Fisher确切概率法比较是否住院、抗生素使用、肠道致病菌检出、诺如病毒检出在不同年龄、性别、职业的患者之间的差异;用多因素logistic回归分析患者年龄、性别、是否住院、是否使用抗生素对诺如病毒检出的影响。检验水准为α=0.05。结果:1.2015～2019年长春市共报告食源性疾病监测病例7764例,其中男性4266例,占54.9%,女性3498例,占45.1%,男性占比高于女性;病例年龄构成中病例数最多的年龄段的是≤5岁,共报告2836例,占36.5%;各职业构成中散居儿童比例最高,共报告2307例,占比29.7%。2.2019年报告的监测病例数占比最高,报告2766例,占比35.6%;9月份报告占比最高,报告1174例,占比15.1%。3.监测病例不同身体机能系统出现临床症状的发生率差异具有统计学意义（P<0.05）,消化系统出现异常症状发生率最高,为96.75%;心脑血管系统出现症状发生率最低,为1.2%。各系统不同临床症状发生率差异均有统计学意义（P<0.05）,其中消化系统以腹泻发生率最高,为82.24%;心血管系统以心悸、胸闷发生率最高,均为57.89%;泌尿系统尿量减少发生率最高,为99.08%;神经系统头痛发生率最高,为56.11%;全身系统发热发生率最高,为56.11%。4.监测病例的可疑暴露食品中占比最高为多种食品（同时摄入多种食品）,报告1164例,占比14.99%。可疑暴露食品的加工及包装方式中占比最高为家庭自制,报告3286例,占比42.43%。可疑暴露食品购买场所中其他场所（暂未在系统中提供的分类）占比最高,报告2631例,占比33.89%;其次为农贸市场,报告1667例,占比21.47%。5.朝阳区辖区内医疗机构报告病例数最多,共报告3888例,占比50.1%;性别、年龄段、职业在门诊病例及住院病例间差异有统计学意义（P<0.05）;病例的性别、年龄、职业在病原学监测医院和非病原学监测医院（报告医院）间差异均具有统计学意义（P<0.05）。6.共同就餐人是否发病在可疑暴露食品的加工与包装方式间差异具有统计学意义（P<0.05）,共同就餐人发病的监测病例中餐饮服务业制作占比最高,共同就餐人未发病的监测病例中家庭自制占比最高。7.2015～2019年长春市食源性疾病监测病例总体的潜伏期为12h（7h,18h）。8.2015～2019年长春市食源性疾病4种致病菌的检测结果中,沙门氏菌检出率最高,5年间共检出82例阳性,检出率1.91%;不同年份沙门氏菌检出率差异具有统计学意义（P<0.05）;不同就诊方式肠道致病菌检出率间差异具有统计学意义（P<0.05）。9.2015～2019年间病原学监测医院食源性疾病主动监测共检出诺如病毒阳性283例,检出率28.44%。其中男性175例,高于女性108例;各年龄段中以≤5岁阳性人数最多,共200例;职业构成中以散居儿童最多,共155例。住院病例和未住院病例诺如病毒检出率差异具有统计学意义（P<0.05）,不同抗生素使用情况诺如病毒检出率差异具有统计学意义（P<0.05）。经logistic回归分析,门诊治疗和抗生素使用是诺如病毒检测阳性的影响因素。诺如病毒阳性结果预测模型为Y=-1.550-0.958门诊治疗+1.134未使用抗生素,经拟合优度检验,P>0.05。结论:1.2015～2019年长春市共报告食源性疾病监测病例7764例,男性多于女性,≤5岁病例占比最多,多为散居儿童。不同时间食源性疾病监测病例报告数不同,2019年最高,不同月份以9月份最高。2.2015～2019年长春市食源性疾病监测病例出现消化系统出现异常症状人数最多;可疑暴露主要是多种食物共同烹制的混合食品和蔬菜类及其制品;加工方式中占比最多为家庭自制;可疑暴露食品购买场所中农贸市场占比最高。3.2015～2019年长春市朝阳区食源性疾病报告病例数最多,占比50.1%;住院病例中男性明显多于女性,住院病例中≤5岁和散居儿童占比高于门诊病例;病原学监测医院中男性比例高于非病原学监测医院（报告医院）,病原学监测医院中≤5岁和散居儿童比例高于门诊病例。4.2015～2019年长春市食源性疾病病原学监测结果中,2018年沙门氏菌检出率最高,门诊患者致病菌的检出率高于住院患者;2015年诺如病毒检出率最高,门诊治疗患者检出率高于住院患者,未使用抗生素患者检出率高于使用抗生素患者。
王梦玉[2]（2021）在《玉林市健康服务从业人员携带沙门菌的特征分析及病原耐药研究》文中认为目的:沙门菌感染、耐药等问题已成为一项全球关注的公共卫生问题,过去沙门菌越来越多的在腹泻病人、家禽、肉类中检出,现在健康人群的粪便中也被检出沙门菌。健康服务从业人员作为国家重点监测人群,其携带沙门菌具有流行病学意义。而目前的研究对健康服务从业人员携带沙门菌的研究较少,且缺少相关的耐药及耐药基因信息。本研究旨在揭示玉林市健康服务从业人员携带沙门菌的流行病学特征及病原耐药研究,为防控沙门菌感染提出意见。方法:选取玉林市2013-2019连续7年健康服务从业人员体检粪便样本,对检出的3993株沙门菌进行血清学分析及耐药研究。首先将沙门菌进行血清学分析确定血清型,然后进行29种抗菌药物的药敏实验全面了解沙门菌的耐药情况,对多重耐药的沙门菌进行核酸提取实验,通过全基因组测序重点分析喹诺酮、ESBL以及mcr基因的携带情况。结果:（1）玉林健康服务从业人员沙门菌携带率特征:2013-2019年玉林健康服务从业人员共携带3993株沙门菌。其中,2013年检出率为1.38%（275/19959）;2014年检出率为2.13%（444/20845）;2015年检出率为2.32%（536/23103）;2016年检出率为1.93%（443/22937）;2017年检出率为2.15%（697/32482）;2018年检出率为1.59%（649/40941）;2019年检出率为1.90%（949/50010）;七年平均检出率为1.90%（3993/210277）。不同性别沙门菌检出率不存在统计学差异（P>0.05）。而不同年龄组的沙门菌检出率存在统计学差别（P<0.05）。其中30～、40～、50～69年龄段之间沙门菌检出率不存在统计学差异（P>0.05）。与18～年龄段相比,40～年龄段沙门菌检出率高（P<0.05）,50～69年龄段沙门菌检出率高（P<0.05）。比较两类职业沙门菌检出率,食品从业人员检出率为2.02%（3471/171990）,公共场所从业人员检出率为1.36%（522/38287）,两类职业检出率存在统计学差异（P<0.05）,食品从业人员沙门菌检出率高于公共场所从业人员。采用logistic回归模型对影响沙门菌检出率的因素进行综合分析,因变量为是否检出沙门菌,以性别、年龄、职业类型为自变量进行分析,结果显示,沙门菌检出率在不同性别、不同年龄中不存在统计学差异（P>0.05）,在两类职业之间存在差异（P<0.05）,食品从业人员的沙门菌携带风险是公共场所从业人员的1.492倍。（2）玉林健康服务从业人员携带沙门菌血清型特征:玉林健康服务从业人员携带沙门菌血清型种类复杂多样,2013-2019年食品从业人员共分离出106类沙门菌血清型,公共场所从业人员共分离出51种沙门菌血清型,食品从业人员与公共场所工作人员共有血清型47种,有57种血清型只出现在食品从业人员中,其中5株以上包含圣保罗沙门菌14株、巴雷利沙门菌9株、旺兹沃思沙门菌9株、利物浦沙门菌6株、哈瓦那沙门菌6株、克雷米尤沙门菌5株,其他均在5株以下。2013-2019年占比总和大于10%的前20种血清型分别为:罗森沙门菌、鼠伤寒沙门菌、阿贡纳沙门菌、德尔卑沙门菌、科瓦利斯沙门菌、哈达尔沙门菌、山夫登堡沙门菌、科特布斯沙门菌、阿尔巴尼沙门菌、斯坦利沙门菌、肯塔基沙门菌、火鸡沙门菌、韦太夫雷登沙门菌、伦敦沙门菌、波茨坦沙门菌、鸭沙门菌、肠炎沙门菌、姆班达卡沙门菌、汤卜逊沙门菌、塞罗沙门菌。食品从业人员优势血清型占比大,且各年份间血清型波动较大;公共场所从业人员每年各血清型构成比分布均匀。前20种血清型两类职业携带率c2检验显示,鼠伤寒沙门菌、阿贡纳沙门菌、德尔卑沙门菌、罗森沙门菌、肯塔基沙门菌、伦敦沙门菌、韦太夫雷登沙门菌、山夫登堡沙门菌携带率在两职业间存在统计学差异（P<0.05）,且食品从业人员携带率高于公共场所从业人员。（3）玉林健康服务从业人员携带沙门菌耐药表型特征:玉林健康服务从业人员携带沙门菌耐药实验结果显示,沙门菌对氨基糖苷类、青霉素类、碳青霉烯类、喹诺酮类、三代头孢类耐药率在30%以下,对阿米卡星在2018年之前均为敏感,2019年出现耐药性,对莫西沙星耐药率随年份呈逐渐上升趋势,对头孢曲松耐药率在2016年接近30%。对四环素以及头孢西丁与头孢呋辛耐药情况严重,对氯霉素耐药率超过30%并且呈逐年上升趋势,临床应谨慎用药。玉林健康服务从业人员的耐药谱复杂,耐抗生素个数一般集中在3-7种。随年份增加出现更复杂的耐药谱,出现一株菌对20个抗生素耐药情况。食品从业人员与公共场所从业人员携带的沙门菌对氨基糖苷类、四环素类、青霉素类、碳青霉烯类、喹诺酮类药物的耐药不存在统计学差异,但对头孢西丁、头孢唑林、头孢曲松存在统计学差异（P<0.05）,食品从业人员对头孢唑林、头孢西丁的耐药率高于公共场所从业人员,其他类抗生素,例如:氨曲南,氯霉素、磷霉素存在统计学差异（P<0.05）,食品从业人员的耐药率高于公共场所从业人员。对2013-2019年玉林健康服务从业人员抗菌药物多重耐药率进行统计,总多重耐药率在37.3%-56.8%之间波动,多重耐药情况严重。食品从业人员的多重耐药率为46.24%（1605/3471）,公共场所从业人员多重耐药率为41.57%（217/522）,食品从业人员多重耐药情况更严重（P<0.05）。不同血清型多重耐药情况不同,前20位血清型中,鼠伤寒沙门菌、德尔卑沙门菌、阿贡纳沙门菌等13种沙门菌血清型多重耐药率超过30%、斯坦利沙门菌、韦太弗雷登沙门菌等7种平均多重耐药不超过30%。玉林健康服务从业人员的耐药谱组合共652种,沙门菌株数大于10株的优势多重耐药谱共20种,组合频率最高的为氯霉素—四环素—甲氧苄啶-磺胺甲恶唑的耐药。食品从业人员的耐药谱组合共610种,沙门菌株数大于10株的优势多重耐药谱共19种,组合频率最高的为氯霉素—四环素—甲氧苄啶-磺胺甲恶唑的耐药。公共场所从业人员的耐药谱组合共121种,沙门菌株数大于10株的优势多重耐药谱共3种,组合频率最高的为氯霉素—四环素—甲氧苄啶-磺胺甲恶唑的耐药。（4）玉林健康服务从业人员携带多重耐药沙门菌基因型特征:全基因组测序结果显示,2013-2019年玉林健康人群服务从业人员携带多重耐药沙门菌含有17种喹诺酮耐药基因。aac（6’）-Ib-cr,、qnr S1、oqx A、oqx B、qnr B6、qnr S2每年均出现,qep A、qnr B60、qnr B19、qnr S10、qnr S3基因则不常见,且占比较低。两类从业人员携带的沙门菌中喹诺酮基因的携带率不存在统计学差异（P>0.05）。玉林健康服务从业人员携带的多重耐药沙门菌含ESBL以及mcr基因。共检出51种ESBL基因,其中bla TEM-1B、bla OXA-1、bla TEM-1A、bla CARB-2连续7年均出现,其他基因型占比较低。其中bla TEM-1A基因检出率在两职业之间存在统计学差异（P<0.05）,且公共场所从业人员检出率高于食品从业人员。玉林健康服务从业人员携带的多耐药沙门菌mcr-like基因携带率总体小于5%,且从2016-2019年呈下降趋势。基因型为mcr-1.1,mcr-1.6和mcr-9三种,主要携带mcr-1.1基因。3种mcr基因检出率在两职业之间不存在统计学差异（P>0.05）。13株沙门菌同时存在喹诺酮、ESBL与mcr基因,主要为bla OXA-1、mcr-1.1、oqx A和oqx B基因的共存,且均来自食品从业人员。结论:经过7年对玉林健康服务从业人员携带沙门菌的监测,玉林地区的沙门菌检出率较高,食品从业人员具有较大携带沙门菌的风险。与公共场所从业人员相比,食品从业人员携带沙门菌的血清型种类更复杂,耐药情况更严重。粘菌素禁令在沙门菌的粘菌素耐药问题上起到良好效果。因此,要加强对健康服务从业人员携带沙门菌的监测尤其是对食品从业人员的监测,严控食品卫生,防止沙门菌感染。
刘志刚[3]（2020）在《患病江豚微生态变化及迁地背景下江豚保护性研究》文中提出长江江豚是生活在长江中下游及鄱阳湖、洞庭湖等沿江大型湖泊的淡水豚类物种。近年来,随着工农业经济的快速发展,长江生态遭受严重破坏,长江江豚的栖息地环境持续恶化,导致其种群数量快速下降,由20世纪90年代的2700头,下降至2017年的1014头。目前,长江江豚处于极度濒危状态。迁地保护是进行长江江豚保护的重要举措之一,在江豚保种和科学研究中发挥了重要作用。然而,疾病感染和饲养管理技术欠缺严重制约了迁地保护区江豚的健康生长和种群繁育。近年来,长江江豚疾病频发,而关于长江江豚病原学（细菌和病毒）方面的研究几乎处于空白,迁地保护区饲养管理不当又时常引起江豚死亡率高和繁殖效率低。因此,有必要对长江江豚感染性疾病和迁地保护区江豚的饲养管理开展系统性研究,初步了解长江江豚细菌性疾病和病毒性疾病的流行病原,掌握长江江豚主要致病菌的生物学特性;建立迁地保护区长江江豚饲养管理和疾病防治的技术规范。本研究开展了长江江豚细菌性疾病的病原学调查;长江江豚病料样本的病毒群落研究;长江江豚6种危害较大细菌的生物学特性研究;迁地保护区长江江豚的饲养管理与疾病防治研究,研究结果如下:1长江江豚细菌性疾病流行病学调查通过细菌的分离培养、染色镜检、理化鉴定、PCR鉴定等,对462份长江江豚呼吸孔、粪便、血液、内脏组织、皮肤病灶、腹腔积液、胸腔积液等样品进行了细菌的分离鉴定,同时使用16S r DNA高通量测序对患病长江江豚和健康长江江豚的肠道菌群进行了研究。结果从462份长江江豚样本中,获得655个细菌纯培养,分离鉴定成功31种细菌,分别为温和气单胞菌（Aeromonas sobria）、表皮葡萄球菌（Staphylococcus epidermidis）、巨大芽孢杆菌（Bacillus megaterium）、微球菌（Micrococcus）、坚强芽孢杆菌（Bacillus firmus）、短小芽孢杆菌（Bacillus pumilus）、变形杆菌（Proteus）、肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumoniae）、嗜麦芽窄杆菌（Stenotrophomonas maltophilia）、大肠杆菌（Escherichia coli）、产气荚膜梭菌（Clostridium perfringens）、乳酸杆菌（Lactobacillus）、链球菌（Streptococcus）、铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）、金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）、嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophila）、诺卡氏菌（Nocardia）、弧菌（Vibrio）、不动杆菌（Acinetobacter）、魔氏摩根菌（Morganella morganii）、肠球菌（Enterococcus）、幽门螺旋杆菌（Helicobacter pylori）、弯曲杆菌（Campylobacter）、黄杆菌（Flavobacterium）、蜡样芽孢杆菌（Bacillus cereus）、粪肠球菌（Enterococcus faecalis）、志贺样邻单胞菌（Plesiomonas shigelloides）、维氏气单胞菌（Aeromonas veronii）、杀鲑气单胞菌（Aeromonas salmonicida）、爱德华氏菌（Edwardsiella ictaluri）和丹毒丝菌（Erysipelothrix）,其中产气荚膜梭菌、弧菌、爱德华菌等11种细菌在长江江豚属首次发现,大肠杆菌、气单胞菌、铜绿假单胞菌、葡萄球菌在所有样品中检出率相对较高;肠道内容物高通量测序,共检测到菌属340种,其中15种为潜在致病菌属,分别为埃希氏菌属、乳杆菌属、链球菌属、绿脓杆菌属、假单胞菌属、黄杆菌属、气单胞菌属、诺卡氏菌属、弧菌属、巴氏杆菌属、葡萄球菌属、魔氏摩根菌、肠球菌、幽门螺旋杆菌、弯曲杆菌。2长江江豚主要致病菌生物学特性研究利用微生物学、分子生物学、兽医药理学和兽医病理学方法对分离自长江江豚的6种主要致病菌（嗜水气单胞菌、维氏气单胞菌、杀鲑气单胞菌、魔氏摩根菌、金黄色葡萄球菌和大肠杆菌）进行了生物学特性研究。结果显示,分离菌株按照常规方法进行培养,均可良好生长,与其他动物源细菌无明显差异;生化研究和16s r RNA序列测定结果与各菌最初鉴定结果表型一致;细菌耐药性研究结果显示,6种菌均存在一定程度的耐药性,以大肠杆菌的耐药性最强,金黄色葡萄球菌的最弱,气单胞菌属不同菌之间耐药性存在一定差异;BALB/c小鼠致病性试验证实,6种菌对小白鼠均有致病性,以维氏气单胞菌和杀鲑气单胞菌的致病力最强,金黄色葡萄球菌的致病力最弱,感染小白鼠剖解病理变化存在一定差异,但主要以肺脏瘀血、出血和肝脏瘀血、变性和坏死为主。3长江江豚病毒性疾病研究初探通过病毒宏基因组学研究方法,对收集自2017-2019年野外患病死亡的长江江豚组织病料（心脏、肝脏、脾脏、肾脏、皮肤等）进行了病毒群落研究和分析。结果共获得10600个重叠序列（contigs）,检测到病毒65个,其中,基于参考序列鉴定出病毒25种,Denovo序列鉴定病毒42种。科水平上,两种方法鉴定出的优势病毒为肌尾噬菌体科（Myoviridae）、疱疹病毒科（Herpesviridae）、逆转录病毒科（Retroviridae）、长尾噬菌体科（Siphoviridae）、线头病毒科（Nimaviridae）、阿克曼病毒科（Ackermannviridae）、痘病毒科（Poxviridae）、丝状噬菌体科（Inoviridae）、短尾噬菌体科（Podoviridae）、砂粒病毒科（Arenaviridae）、有尾噬菌体目未分类病毒科（Caudovirales unclassified）。除疱疹病毒外,噬菌体病毒、逆转录病毒、线头病毒、痘病毒和砂粒病毒等均为首次在长江江豚上发现。4迁地保护区长江江豚的饲养管理与疾病防治研究通过临床大量实践和数据分析,分别对迁地保护区大水域、围网环境下和疗养池中生长的长江江豚的饲养管理和疾病防治技术进行了研究,结果,总结制定出迁地保护区大水域、围网环境下和疗养池中长江江豚饲养管理的技术规范,计算统计出长江江豚血常规和血液生化的正常阈值,发现了长江江豚各生理生化指标与江豚疾病诊断间的相关性,建立了长江江豚健康体检的技术规范和健康评价标准,基本形成了长江江豚常见疾病诊断与治疗的方法技术体系,其中通过静脉滴注对患病长江江豚进行治疗的技术在国内处于领先水平。综上所述本研究首次系统阐明了长江江豚细菌性疾病的流行特点;初步探明了长江江豚病料样本病毒群落的结构和组成,并首次发现了大量的长江江豚源病毒;揭示了6种常见致病菌的生物学特性,提供了细菌性疾病药物治疗和疫苗研发的参考信息;建立了迁地保护区长江江豚饲养管理和疾病诊疗的技术规范。饲养管理和疾病防控是迁地保护区长江江豚管理的两个重要方面,也是当前长江江豚保种面临的主要问题,知己（不断提高长江江豚的饲养管理和疾病防治水平等）和知彼（掌握长江江豚传染性疾病的流行特点、病原的生物学特性、长江江豚生长特性和各个生长阶段的饲养管理要点等）,方能有效解决长江江豚在迁地保护过程中疾病防控盲目和饲养管理欠缺的现状,为长江江豚、中华白海豚等鲸类动物的健康成长和种群繁育提供理论支持。
赵冬梅[4]（2019）在《临床分离碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌的分子生物学特征及酶抑制动力学的研究》文中提出目的（1）研究碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯（CRKP）致病菌的耐药特性、分子分型、播散特点及临床分布,明确CRKP致病菌的分子生物学特征及其临床意义。（2）旨在观察卡托普利体内外逆转产金属酶CRKP菌的耐药现象,增敏抗菌药物的作用。（3）深入探索卡托普利对IMP-4金属酶的抑制动力学,以表征卡托普利对IMP-4金属酶的亲和能力,为探究产金属酶菌的耐药治疗开辟新的途径。材料与方法菌株来源:收集我院20132016年连续分离的CRKP菌327株（已剔除重复株及资料缺失株）,本实验共纳入98株CRKP病原菌。质控菌株为大肠埃希菌ATCC 25922、肺炎克雷伯菌ATCC 700603、ATCC 1705及ATCC 1706。方法:1.（1）采用Vitek 2全自动微生物鉴定仪重新鉴定及药敏测试,通过K-B纸片扩散法检测菌株对碳青霉烯药物的敏感性,琼脂稀释法检测菌株对抗菌药物的最小抑菌浓度（MIC）;分别运用改良Hodge试验和碳青霉烯酶失活法（mCIM与eCIM联合）测定碳青霉烯酶的表型;PCR扩增及测序检测其主要的耐药基因;采用多位点序列型（MLST）和脉冲场凝胶电泳（PFGE）对菌株进行分子分型及同源性分析;结合菌株的临床分布特点,分析其传播方式。（2）调查87例菌株对应的临床资料,以30天死亡及ST11 CRKP作为观察点,建立logistic回归模型,分析优势株ST11CRKP对预后的影响;通过CRKP分子生物学的调查,分析63例特定群体（院内获得性肺炎）相关CRKP致病菌的耐药特性、分子分型及临床分布特点。72.卡托普利作用于产金属酶耐药菌的体内外实验:筛选5株临床分离的产金属酶CRKP菌,进行卡托普利与美罗培南体外联合实验,分析卡托普利是否可抑制菌株对抗菌药物的耐药性。以产金属酶NDM-1 KP0106菌和产金属酶IMP-4 KP27630菌作为研究对象（两株菌对美罗培南的MIC相同）,分别建立大蜡螟幼虫的感染模型,经卡托普利联合美罗培南或单药给药方式,分析大蜡螟幼虫的生存曲线及体内菌负荷量的差异性变化,评估体内卡托普利是否能有效恢复耐药菌对抗菌药物的敏感性。3.通过构建表达载体pET28b-IMP4-BL21（DE）,经IPTG诱导表达、亲和层析柱纯化、SDS-PAGE及Western Blot鉴定,以便获得IMP-4蛋白。采用酶反应动力学实验,抑制剂浓度与酶残余活性的变化测定半抑制浓度IC50。改变卡托普利和底物的浓度,保持酶的浓度不变,测定数据,根据Lineweaver-Burk作双倒数图,判断酶抑制动力学参数,求解出抑制常数Ki,表征卡托普利对IMP-4金属酶的亲和能力。结果1.（1）药敏结果显示:98株CRKP菌对碳青霉烯类抗菌药物全部耐药（2株对亚胺培南中度耐药）,MICs范围为2μg/mL至64μg/mL,余11种常用抗菌药物,除对替加环素全部敏感外（2株中介）,对其他大多数抗菌药物均表现高度耐药;运用表型测定,表明74株产碳青霉烯酶,其中10株为金属酶阳性;PCR检测出6株携带blaNDM-1,4株携带blaIMP,其余60株均携带blaKPC-2,且KPC-2酶在3组年段中的检出率呈逐年增高趋势（p<0.001）;98株CRKP致病菌株中,共发现24种ST分型,序列型ST11为优势株（56.12%,55/98）,且在3组年段中的检出率与blaKPC-2保持一致性,也呈逐年增高趋势,具有显着差异性;95株CRKP菌（3株因染色体核酸降解被剔除）分为59个不同的型别（PFGE型,PT01-PT59）,46个型别只包含1株菌,即46株菌各具有独特的PFGE带型,说明菌群基因的多态性。MLST分型显示,3个主要优势带型的克隆株有29株为ST11型（93.55%,29/31）。而55株ST11型又共分为23种不同克隆带型,提示有多个ST型菌株的院外输入。同时,多组ST11型菌株具有相同克隆带型,提示存在着院内传播扩散。（2）通过对CRKP致病菌分子生物学的调查,不仅发现临床上合理的经验用药和总住院时间与CRKP感染预后（30天死亡）有独立的相关性,而且分析出ST11型菌株可作为CRKP感染预后的独立危险因素。院内获得性肺炎所相关的63株CRKP致病菌,有53株携带KPC-2酶,分为6种ST型,其中ST11有47株（88.68%）,ST23占2株（3.77%）,余ST15、ST528及ST661各占1株,提示存在较少的异质性克隆背景。优势克隆株ST11在各病房分布比例分别为ICU 72%,内科病房80.8%及急诊科室100%,说明院内获得性肺炎CRKP菌在院内克隆传播的普遍性及严重性。2.5株产金属酶的CRKP菌,在卡托普利的作用下,均使碳青霉烯类药物的MIC值明显下降,可降至1μg/mL（相当于原来MIC值的1/161/32倍）,且卡托普利对金属酶（NDM-1和IMP-4）的体外抑制作用呈剂量依赖性。建立大蜡螟幼虫感染模型,分别产NDM-1和IMP-4的两株CRKP菌对大蜡螟幼虫的致死率呈浓度依赖性;IMP-4组感染大蜡螟幼虫后,卡托普利联合美罗培南组与其它单药各组比较,生存率显着提高（p<0.0001或p=0.0121）,而NDM-1组未见生存率改变;单次给药的24h内,卡托普利联合组体内菌负荷量显着低于单药组,且IMP-4组较NDM-1组更为突出,说明卡托普利对于金属酶IMP-4抑制作用要高于NDM-1;单次给药的48h后,2株菌感染大蜡螟的组间菌负荷量均未见差异性,说明药物的抑菌作用具有时效性。3.表达载体pET28b-IMP4-BL21（DE）构建成功,以16℃8h作为pET28b-IMP4-BL21（DE）最佳诱导时间,表达纯化经鉴定后证实为IMP-4蛋白。卡托普利抑制剂浓度的不断增加,IMP-4残余活性不断下降,呈曲线相关性,经LOGIT拟合度检验,推算出IC50为26.34μM,95%置信度为19.8237.98μM。米曼氏方程中双倒数求解推导出,在竞争性抑制剂作用下,不管抑制剂浓度[I]如何变化,理论上其纵截距1/Vmax不变。根据不同[I]中横截距的变化,计算出Ki值为37.14μM。结论（1）CRKP致病菌的耐药机制以产KPC-2型碳青霉烯酶为主,呈逐年上升趋势。其菌株的基因分型具有遗传多态性,但ST11仍是其流行优势株,且以显着上升趋势的克隆传播为特征。临床分离ST11型CRKP致病菌不仅可作为感染后死亡事件的独立危险因素,并且其揭示了非异质性克隆传播是院内获得性肺炎播散的关键所在。（2）卡托普利在体内外可有效逆转产金属酶CRKP菌的耐药情况,恢复了菌株对抗菌药物的敏感性,为产金属酶耐药菌的研究展开新的方向。（3）酶抑制动力学定量和准确地评估了卡托普利对IMP-4金属酶的亲和能力,表观卡托普利对IMP-4金属酶活性有良好的抑制作用,为临床治疗奠定基础。
徐梦[5]（2019）在《广西部分农村地区人群华支睾吸虫感染风险因素及其肠道菌群研究》文中提出目的:了解广西部分农村地区人群华支睾吸虫感染状况、基因型特征和危险因素以及华支睾吸虫感染人群肠道菌群的变化,为完善当地华支睾吸虫病的防控措施提供理论基础,也为华支睾吸虫病的诊断、治疗及防控提供新思路。方法:通过多阶段分层整群随机抽样的方法,抽取广西部分农村地区若干个自然村作为本次调查点。以调查问卷的方式收集被调查者社会人口学等相关信息,采集3岁以上常驻居民粪便,采用改良加藤厚涂片法检测粪便华支睾吸虫虫卵并计数,一粪三检。随机抽取部分镜检阳性粪便样本用于DNA提取,通过PCR扩增华支睾吸虫内转录间隔区ITS2基因,将测序结果在NCBI核酸数据库作比对分析。SPSS 20.0用于华支睾吸虫感染分布状况及人群华支睾吸虫感染危险因素的分析。与此同时,选择89份粪便样本（47份镜检阳性,42份镜检阴性）用于细菌总DNA提取,采用特异性引物对细菌16S rRNA的V3-V4序列进行扩增,利用高通量测序技术进行测序,通过生物信息学分析及相关统计学分析获得感染组肠道菌群的变化情况及菌落丰度改变与感染度的相关关系。结果:1广西部分农村地区人群华支睾吸虫感染风险因素分析本研究显示,广西宾阳人群华支睾吸虫总感染率为20.49%（404/1972）。多因素 logistics 回归分析发现:男性（aOR=5.79,95%CI:4.16,8.04）、壮族（aOR=2.50,95%CI:1.70,3.69）、农民（aOR=3.63,95%CI:2.32,5.68）、初中（aOR=1.63,95%CI:1.17,2.26）、大专及以上（aOR=3.37,95%CI:1.62,7.02）、生熟食物砧板不分开（aOR=1.57,95%CI:1.13,2.18）及频繁食鱼生（1 次/年:aOR=4.73,95%CI:3.40,6.58;1～2 次/月:aOR=13.89,95%CI:9.37,20.58;1 次/周:aOR=37.49,95%CI:3.68,382.20）是华支睾吸虫感染危险因素,而年龄（aOR=1.09,95%CI:0.80,1.49）及家中宠物饲养种类（aOR=1.23,95%CI:0.83,1.80）是华支睾吸虫感染的混杂因素。2广西部分农村地区人群华支睾吸虫感染调查及病原分子鉴定1)本研究发现,广西藤县华支睾吸虫总感染率为43.33%（260/600）,以轻度感染为主（71.54%,186/260）。天平镇感染率最高,为66.50%（133/200）,其次为金鸡镇（37.50%,75/200）,孟江镇感染率最低为26.00%（52/200）;男性感染率为 54.69%（169/309）,显着高于女性（31.27%,91/291）（χ2=33.47,P<0.001）;30～40岁年龄段华支睾吸虫感染率最高,为57.57%（76/132）,其次为40～50岁（54.14%,72/133）;高中及以上学历人群感染率最高,为56.81%（25/44）,小学及以下人群感染率最低为27.13%（51/188）。不同年龄段以及不同教育程度,华支睾吸虫感染率差异均有显着意义（χ2=59.90,30.03,P<0.001）。2)基于华支睾吸虫ITS2基因,PCR扩增出长156 bp特异性条带,经Blast比对分析发现,该序列与NCBI核酸数据库中的越南岘港地理株（GenBank登录号:MF 319655,）及广西地理株（GenBank 登录号:KU 175246 和 KJ 137227.1）等对应的ITS2序列部分同源性均为100%。3华支睾吸虫感染人群肠道菌群研究1)在OTU水平上,感染组OTU数目高于对照组;20～60岁年龄组,两组间有2 587种细菌重叠,60岁以上年龄组有1 149种细菌重叠。2)与对照组相比,20～60岁年龄组,感染组肠道菌群simpson多样性显着增加（P<0.05）;60岁以上年龄组,肠道菌群α多样性未见明显改变。3)与对照组相比,华支睾吸虫感染人群肠道菌落丰度及菌群结构均发生显着变化。主要表现为:20～60岁年龄段,感染组与对照组之间有19个分类单元丰度存在显着差异;60岁以上年龄组,两组间有16个菌落丰度存在显着差异。华支睾吸虫感染后,肠道拟杆菌和双歧杆菌丰度显着降低;肠杆菌科、肠球菌以及与炎症相关椰子菌丰度显着升高。此外,在感染组中还检测到较高丰度的外环境菌落,如贪噬菌及土壤农杆菌。4)肠道菌群丰度的改变与华支睾吸虫每克粪便虫卵数（Eggs Per Gram,EPG）之间存在相关关系。20～60岁年龄组,拟杆菌（r=-0.37）、Parabacteroides（r=-0.31）、颤螺菌（r=-0.29）、韦荣球菌（r=-0.28）、Paraprevotella（r=-0.26）和嗜血杆菌（r=-0.24）与EPG存在负相关关系,肠杆菌（r=0.21）、毛球菌（r=0.24）和Collinsella（r=0.25）与EPG存在正相关关系。60岁以上年龄段人群,拟杆菌（r=-0.64）、韦荣球菌（r=-0.53）、梭菌（r=-0.35）和双歧杆菌（r=-0.50）与EPG存在负相关关系,而奇异菌（r=0.50）、放线菌（r=0.55）和颗粒链菌（r=0.57）与EPG存在正相关关系。在两个年龄段感染人群中均发现拟杆菌、韦荣球菌丰度与EPG之间呈负相关关系。结论:1广西宾阳农村地区属华支睾吸虫感染超重流行区;其中男性、壮族、农民、初中、大专及以上、生熟食物砧板不分开以及频繁食鱼生是感染华支睾吸虫的危险因素。因此,应加强对该地华支睾吸虫病的防控,尤其是具有感染华支睾吸虫危险因素特征的人群;加强该地区华支睾吸虫病相关的健康教育,进而改变其感染危险行为,降低该地华支睾吸虫的感染率。2广西藤县农村地区华支睾吸虫感染率为43.33%,属华支睾吸虫感染超重流行区,应加强该地区的防治管理,尤其是男性、青壮年等华支睾吸虫高感染人群。该地区华支睾吸虫分离株ITS2基因序列与越南岘港地理株及广西地理株相对应的ITS2基因序列一致,未见变异及新的基因型。3华支睾吸虫感染人群肠道菌群结构与健康人群存在差异,且部分菌落丰度较对照组发生显着变化。拟杆菌、双歧杆菌以及韦荣球菌丰度降低,炎症相关菌落椰子菌以及致病菌肠杆菌、肠球菌丰度明显升高,肠道菌群的这些改变可能促进华支睾吸虫病的发生及发展。此外,感染组中发现较高丰度的外环境菌落（如农杆菌及贪噬菌）,可能与华支睾吸虫病的发展有关。华支睾吸虫感染者肠道菌群的改变与感染度（EPG）存在相关关系。
祝天阳,杨江辉,王利君,段宁,肖楠[6]（2019）在《北京大型社区成人感染性腹泻肠道致病菌监测与耐药性分析》文中研究表明目的了解北京大型社区成人感染性腹泻的致病菌与耐药性,为肠道传染病防控和临床合理使用抗菌药提供依据。方法回顾性分析北京某大型社区2015年至2018年连续4年的4月至10月期间1847例成人肠道门诊腹泻的肠道致病菌和药敏数据。Vitek2 Compact全自动微生物鉴定药敏分析系统进行细菌鉴定,凝集试验进行血清分型,K. B纸片扩散法测定抗菌药物敏感性。结果 2015年至2018年肠道致病菌检出率约12. 3%,前4位的致病菌分别为副溶血弧菌（51.5%）、沙门菌属（16. 3%）、气单胞菌属（11. 4%）和类志贺邻单胞菌（7. 0%）。肠道致病菌主要检出于7月和8月两个月,沙门菌属易高发于5月。副溶血弧菌、气单胞菌属对氨苄西林耐药率高外,对其他抗菌药均较敏感。但沙门菌属的耐药性偏高,环丙沙星敏感率为62.2%,头孢曲松耐药率10. 8%。结论本地区感染性腹泻患者的致病菌主要为副溶血弧菌,而沙门菌属耐药性高,应加强感染性腹泻肠道病原菌及耐药性的监测,指导传染病防控和临床治疗。
朱艳[7]（2019）在《一起食源性感染暴发的病原学分析及分子分型》文中认为目的对聚集出现的6名腹泻病患者粪便培养出的猪霍乱沙门菌进行病原学分析及分子分型,确定本次食源性感染发生的性质,并了解该致病菌的致病特点和耐药性。方法1.搜集和分析2016年5月10日-5月14日期间来我院感染性疾病门诊就诊的急性腹泻患者的临床及流行病学资料。2.对腹泻患者的粪便标本进行细菌培养及鉴定。3.对鉴定得到的猪霍乱沙门菌采用纸片扩散法对菌株进行抗生素药敏试验。4.对6株猪霍乱沙门菌进行脉冲场凝胶电泳分型（Pulsed Field Gel Electrophoresis,PFGE）,并用BioNumerics软件对电泳带谱进行聚类分析。5.应用聚合酶链反应检测6株猪霍乱沙门菌中的invA、sitC、hilA、sifA、mgtC、siiE、spvB、Prot6E、pefA9种毒力基因。结果1.6例患者（男性3例、女性3例）,因出现不同程度腹泻就诊我院,就诊时期集中于2016年5月10日-5月14日,6位患者均有在同一连锁餐厅就餐的经历,发病过程及临床表现相似,疑为进食被污染的生肉。2.6株菌株经病原学培养、鉴定后显示为猪霍乱沙门菌。3.6株猪霍乱沙门菌抗菌谱相同,对头孢曲松、庆大霉素、阿米卡星、四环素、环丙沙星、诺氟沙星、氯霉素敏感,对氨苄青霉素耐药。4.6株菌株经限制性核酸内切酶酶切后在脉冲场电泳,菌株带型一致,后使用BioNumerics7.6软件进行聚类分析,菌株菌谱型彼此间相似性达94.099.0%,证实为同源性菌株。5.6株猪霍乱沙门菌携带相同的毒力基因,invA、sitC、hilA、sifA、mgtC、siiE携带率100%,质粒编码的毒力基因spvB、pefA、prot6E未检出。结论1.根据患者的发病经过、流行病学史并结合致病菌的脉冲场凝胶电泳图谱、毒力基因谱及抗生素药敏谱分析,可初步判断本实验中所涉及的食源性事件为一次由猪霍乱沙门菌引起的食源性感染暴发。2.应高度重视食品卫生及安全,从食品供应的源头上控制食源性感染暴发的发生。
曹国平[8]（2019）在《衢州市感染性腹泻流行病学研究》文中提出目的:研究衢州市感染性腹泻病例高发的原因及危险因素,以及食品、外环境中肠道致病微生物污染状况及相关性,为预防和控制衢州市感染性腹泻提供有效依据。方法:采用描述性研究和病例对照研究的方法,研究2016年11月-2017年10月中国疾病预防控制信息系统中报告的衢州市感染性腹泻病例的发病情况;采集医疗机构诊断的感染性腹泻病例标本进行进行病原学检测,包括5种细菌（沙门、志贺、致泻性大肠杆菌、副溶、金葡）和3种病毒（诺如、轮状、腺病毒）,掌握衢州市感染性腹泻的常见病原体;采集衢州市食品和外环境样本进行肠道致病菌检测,分析其与感染性腹泻高发之间的关系;最后,选取100例儿童确诊病例进行危险因素分析。采用Epi Data3.0建立数据库,实行双录入,使用SPSS19.0开展样本量估计和统计分析,应用单因素Logistic回归分析影响因素,以P<0.05为具有统计学差异。统计作图使用Excel 2007版软件。结果:2016.11-2017.10,衢州市共报告感染性腹泻病例2559例,发病率为117.12/10万。全年流行趋势呈两个高峰,1-3月和6-10月,以前者为主。重点人群是5岁以下儿童,尤其是0-1岁组婴幼儿。检测1853份感染性腹泻病例标本,阳性率为36.05%,沙门氏菌阳性率为5.34%,副溶血性弧菌阳性率为0.27%,而致泻型大肠杆菌、金葡菌、志贺氏依次减少;病毒中轮状病毒阳性率13.33%,诺如8.74%,腺病毒1.24%。食品、外环境标本的阳性率分别为1.35%和1.07%,食品中污染较高的为海产品和蔬菜,主要病原体为副溶血性弧菌和沙门氏菌。外环境标本中受污染程度较高的为幼儿园玩具和幼儿园儿童手,阳性率分别为2.90%和1.31%,在井水和河道水中均未检出指示病原体。感染性腹泻的发病趋势同食品、外环境中病原体污染趋势有相同的趋势。单因素Logistic回归分析显示,父母受教育程度、儿童吮吸、发病前一周接触过疑似病人、剩饭处置、剪手指甲、父母回家后洗手、接种轮状疫苗等11项因素具有统计学差异。父母受教育程度、儿童吮吸手指、发病前一周接触过疑似病人、剩饭处置为危险因素;父母回家洗手、剪手指甲、接种轮状疫苗为保护性因素。结论:衢州市感染性腹泻发病率高,发病高发期在1-3月和6-10月,重点是5岁以下儿童,尤其是0-1岁儿童。引起感染性腹泻发病的病原种类繁多,但主要以诺如病毒、轮状病毒和沙门氏菌、副溶血性弧菌为主。食品、外环境中存在被污染现象,尤其是食品受副溶血性弧菌和沙门氏菌污染现象普遍;外环境中儿童手、玩具标本污染严重。目前感染性腹泻基本上无有效疫苗预防,因此继续做好疾病监测,加强宣传教育,重点加强对2岁以下散居儿童家长的卫生宣传和健康教育工作力度,使儿童养成良好的个人卫生习惯,各级医疗卫生机构人员要提高疫情报告意识,做好感染性腹泻暴发疫情的调查处理工作,联防联控,有效预防控制感染性腹泻。
李芳[9]（2019）在《胭脂鱼运动型气单胞菌败血症及弯口吸虫病初步研究》文中指出随着高密度水产养殖的发展,鱼类疾病已经成为制约该行业发展的重要因素。淡水鱼类运动型气单胞菌败血症（motile Aeromonas septicemia,MAS）与弯口吸虫病（Clinostomum disease）（又称黄蛆病,yellow grubs disease）,分别是典型的鱼类细菌性疾病和复殖吸虫病。胭脂鱼（Myxocyprinus asiaticus）为我国特有鱼类,属于二级保护动物,同时因其为亚口鱼科鱼类在亚洲的唯一分布,因此胭脂鱼兼具重要的经济价值和研究价值。近年来,上述两种疾病在胭脂鱼养殖过程中时常发生,给鱼苗培育和养殖生产造成了较大损失。本研究针对胭脂鱼养殖场频发的上述两种疾病展开病因学、病理学及免疫应答机制等内容的研究,以期为深入解析宿主对MAS的免疫应答机制和防控胭脂鱼MAS和弯口吸虫病提供新视角和参考资料。1、胭脂鱼运动型气单胞菌败血症初步研究为鉴定某养殖基地患运动型气单胞菌败血症的胭脂鱼幼鱼病原菌,利用传统病原菌分离方法,从患病胭脂鱼内脏和腹水中分离致病菌,采用形态学观察、生理生化特性分析、16S rRNA和cpn60、rpoB、gyrB基因序列分析并构建系统发育树的方法进行细菌种类鉴定,通过回感实验、半致死量（LD50）实验和16个毒力基因检测确定菌株致病性,同时开展32种药物敏感性试验;为获得胭脂鱼运动型气单胞菌败血症病理材料,对筛选出的健康胭脂鱼幼鱼进行腹腔注射200μL2.0×108 cfu/mL(LD50-24h)的嗜水气单胞菌菌液,于感染后第4、12、24 h取中肾、头肾、脾脏和肝脏用于组织结构观察,第24 h取中肾、头肾、脾脏和肝脏用于超微结构观察,结合半定量描述方法对不同时间点各组织损伤程度进行评价,以黑色素巨噬细胞中心（melano-macrophage center,MMC）为参考指标,采用定量分析方法描述各组织中MMC响应策略,以评价组织免疫反应水平;为探究诸多病理现象背后的分子机制,对致病菌感染前、后（第4 h）的胭脂鱼脾脏进行转录组分析,使用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）检测19个免疫相关基因在感染后第4、12和24 h的表达情况。主要研究结果及结论如下:（1）从自然发病胭脂鱼幼鱼内脏团和腹水中分离到两株优势菌,经生理生化特征和分子标记鉴定,证实两个菌株分别为嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophila）（命名为BBAh1）和维氏气单胞菌（Aeromonas veronii）（命名为BBAv1）。（2）回感实验证实分离到的嗜水气单胞菌和维氏气单胞菌均为胭脂鱼MAS致病菌,两个菌株中分别检测到7个毒力基因（aerA、alt、ascV、hlyA、lip、ompA和aspA）和8个毒力基因（aerA、alt、ascV、hlyA、lip、aexT、ast和flaA）,二者对胭脂鱼幼鱼的7天半致死量(LD50-7d)分别为1.93×105 cfu/g和8.77×105 cfu/g;且嗜水气单胞菌致死性更强,维氏气单胞菌致肠炎比例更高。（3）对32种药物的敏感性实验结果表明,两个菌株药敏特征相似,对28种药物显示出相似的敏感性,这可能与两个菌株来源于同一环境有关;建议使用两个菌株都十分敏感的头孢噻肟、氨曲南、头孢曲松和头孢呋辛等药物来治疗胭脂鱼运动型气单胞菌败血症。（4）MAS的组织显微结构病理特征表现为:内皮细胞损伤、溶血、血液凝集、MMC响应、组织坏死、淋巴细胞浸润、粒细胞胞质嗜酸性增强、肝细胞空泡化、凝固样坏死和胞质嗜酸性变性以及红细胞萎缩变性等;超微结构病理特征表现为:肾小球毛细血管塌陷,系膜细胞肿胀,足细胞增生,滤过装置遭到严重破坏;巨噬细胞功能活跃,表现为大量吞噬各类损伤细胞,包含淋巴细胞和嗜酸性粒细胞;肝脏狄氏间隙遭到严重破坏,肝细胞中糖原消失,线粒体外嗜肿胀,自噬溶酶体增多。上述现象说明:胭脂鱼MAS导致组织发生严重的病理变化,进而导致机体造血、排泄和代谢等功能障碍,是细菌感染致病和致死的主要原因。（5）MAS发展进程中组织MMC响应策略:中肾、头肾和脾脏MMC响应策略基本一致,表现为单个MMC面积越来越大,数量越来越多,相对组织面积越来越大;肝脏MMC响应策略与上述组织存在差别,即感染后12 h内,肝脏中MMC各指标基本无变化,至感染后第24 h,组织中MMC数量和相对组织面积才显着增加（P<0.05）。（6）组织MMC响应策略反映出组织器官免疫应答策略,即脾脏在细菌感染引发的免疫应答中占据主导地位,其次为头肾、中肾,肝脏免疫反应能力最弱;另外,由于脾脏MMC响应最为敏感,因此其更适宜用作评价机体生理状态或免疫水平的生物指标。（7）嗜水气单胞菌急性感染后第4 h,胭脂鱼脾脏共获得1390个显着差异表达基因（q<0.05）,其中907个表达显着上调,483个表达显着下调;随机抽取8个差异表达基因进行qRT-PCR验证,发现qRT-PCR结果与转录组结果表达趋势基本一致,进而证明了转录组数据的可靠性。（8）1390个差异表达基因显着富集于16个二级GO类别,主要为白介素1受体绑定（GO:0005149）、白介素1受体复合物（GO:0045323）、细胞因子受体绑定（GO:0005126）、炎症反应（GO:0006954）、生长因子受体绑定（GO:0070851）和免疫反应（GO:0006955）等;15条KEGG信号通路,主要包含:NF-kB信号通路（ko04064）、TNF信号通路（ko04668）、NOD样受体信号通路（ko04621）、Toll样受体信号通路（ko04620）和炎性肠炎疾病IBD（ko05321）等;上述GO类别和信号通路均与机体免疫反应相关。（9）qRT-PCR检测结果显示:模式识别受体（TLR2、TLR4、TLR6和PGRP5）、白介素（IL1B、IL6、IL8、IL10、IL11和IL12）、趋化因子（CXCL1、CXCL2和CXCL8）、免疫细胞活性调节分子（CD68、CD200、CD247、CSF3和CSF3R）及补体（C6和C7）等诸多免疫相关分子均积极参与到机体抗菌活动中。（10）据转录组和qRT-PCR结果推测胭脂鱼对嗜水气单胞菌感染的免疫应答机制可能如下:病原菌进入机体后,其病原体相关分子模式（PAMP）便被模式识别受体（如TLRs和PGRP5）所识别,接着收到信号的受体细胞开始分泌细胞因子,如IL1和TNF等,这些细胞因子进而激活MAPK信号通路,而MAPK信号通路的激活将直接启动其下游的NF-kB信号通路应答,活化的NF-kB进入核内与靶基因上游特定序列结合从而起始转录,至此机体开始启动强烈的免疫反应来抵御病原菌的进一步感染,组织学层面可见免疫细胞大量增殖,吞噬作用活跃,MMC响应强烈,炎性细胞浸润组织等,但与此同时,MAPK和NF-kB信号通路似乎还启动了负调节机制来避免机体炎症反应过度。2、胭脂鱼弯口吸虫病初步研究本研究从自然发病的人工池塘中随机抽取148尾胭脂鱼幼鱼进行编号和生长指标（全长、体长和体质量）测量;随后通过解剖从鱼体组织中剥离寄生虫包囊,并记录包囊寄生部位和数量用于计算感染率、感染强度、局部感染率和局部感染强度;使用解剖针分离出包囊中的囊蚴并将其保存于70%酒精,后采用形态学（制作囊蚴标本）结合分子生物学方法（CO1和ITS）鉴定囊蚴种类;针对复殖吸虫生活史中第一中间宿主淡水螺类和终末宿主食鱼鸟类,在发病胭脂鱼养殖场进行寄生虫生活史调查。主要研究结果及结论如下:（1）囊蚴形态学和分子标记鉴定结果证实本研究分离到的寄生虫为扁弯口吸虫（Clinostomum complanatum）。这是胭脂鱼乃至亚口鱼科鱼类作为扁弯口吸虫中间宿主的首次记录,且证实囊蚴生殖系统形态特征是鉴别此类寄生虫的可靠形态学依据,CO1（6.87%）较ITS（1.68%）变异位点率更高,鉴别弯口吸虫的效率也更高。（2）抽查样本中共有96尾胭脂鱼受到扁弯口吸虫感染,感染率为64.9%,感染强度为1-7（2.3±1.38）个囊蚴/尾;较躯干部和尾部而言,囊蚴在胭脂鱼头部分布较多,相应的局部感染率和局部感染强度分别为0.557和0.545。（3）感染组与未感染组胭脂鱼在全长和体长上均无显着差异（P>0.05）,就体质量和肥满度而言,感染组（体质量=6.44±0.19 g;肥满度=1.70±0.03 g/cm3）则显着低于未感染组（体质量=10.36±0.51 g;肥满度=2.51±0.03 g/cm3）（P<0.01）。（4）扁弯口吸虫在发病渔场生活史完整:以椭圆萝卜螺（Radix swinhoei）和小土蜗（Galba pervia）为第一中间宿主,胭脂鱼幼鱼为第二中间宿主,食鱼鸟类白鹭（Egretta garzetta）、池鹭（Ardeola bacchus）和普通翠鸟（Alcedo bengalensis）为终末宿主。（5）防治建议:1)年终彻底清塘并用生石灰杀灭螺类,清除池塘引水渠中大量繁殖的宿主螺类;2)在鱼苗、鱼种培育池上方设置防鸟网。综上研究,首次在患运动型气单胞菌败血症的胭脂鱼中同时分离到具有强烈致病性的嗜水气单胞菌和维氏气单胞菌,并根据药敏实验结果筛选出适于治疗胭脂鱼运动型气单胞菌败血症的药物;通过对嗜水气单胞菌急性感染前后胭脂鱼幼鱼肾、脾和肝脏显微和超微结构变化的观察,发现一系列未见报道的运动型气单胞菌败血症的病理现象,以及组织中黑色素巨噬细胞中心应答情况;通过嗜水气单胞菌刺激胭脂鱼脾脏的转录组分析,以及qRT-PCR对免疫相关基因在感染前后的表达量检测,发现以TLRs和PGRP5为代表的PRRs在早期病原识别中发挥着重要作用,此步骤是激活其下游信号通路、产生免疫应答的关键。本研究还发现胭脂鱼乃至亚口鱼科鱼类为扁弯口吸虫的中间宿主;弄清楚了扁弯口吸虫在发病渔场的完整生活史过程;提出了清塘杀螺、防鸟等防控措施。研究结果丰富了鱼类病害研究内容,为生产实践上防控胭脂鱼此类疾病亦有重要的指导作用。
甄晓然[10]（2019）在《凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死症弧菌江苏株的分子分型及其拮抗菌筛选》文中研究表明急性肝胰腺坏死合综合症（Acute hepatopancreas necrosis syndrome,AHPNS）是近年来影响凡纳滨对虾养殖业发展的重要疾病之一。2009年以来,AHPNS使得亚洲对虾产量大幅下降,给亚洲养虾业带来了巨大的经济损失,我国以凡纳滨对虾养殖为主的对虾养殖业亦受到较大冲击。2013年,全球水产养殖联盟（Global Aquaculture Alliance,GAA）发表声明,明确了AHPNS的病原体是副溶血弧菌。据报道,该病原菌通过效应蛋白PirA与PirB产生毒力,病虾消化器官颜色苍白,肝胰腺萎缩,空肠空胃,发病13天内死亡率可达到100%。目前对于AHPNS的致病机理尚未研究清楚,尚无有效的防治手段见诸报道。本文通过分离得到了不同来源的凡纳滨对虾AHPNS致病菌,进行了分子分型,获得江苏地区急性肝胰腺坏死综合症的分子流行病学资料;通过致病性弧菌拮抗菌的筛选相关研究,为该病的生态防控提供技术资料。20172018年间,江苏省沿海地区连云港、盐城和南通等市部分养殖场出现不同程度的凡纳滨对虾急性死亡,发病对虾呈现为空肠空胃,肝胰胰萎缩或肿涨,表现出AHPNS发病的典型症状。从上述数十家养殖场采集不同苗种来源、不同生长阶段、不同发病特点以及不同养殖模式的健康和疑似患AHPNS的凡纳滨对虾,无菌解剖其肝胰腺,分离得到642株细菌,分别采用急性肝胰腺坏死合综合症致病性相关基因pirAvp引物AP3以及细菌16S rRNA通用引物进行扩增,确认并获得28株凡纳滨对虾AHPNS致病性副溶血弧菌,根据不同的来源、模式等对所得菌株进行了分类。应用脉冲场电泳（PFGE）技术,对28株分离自江苏省内不同地区、不同养殖模式、不同生长阶段的对虾AHPNS发病个体肝胰腺的致病性副溶血弧菌进行分子分型研究,最终得到了副溶血弧菌的4个主要的PFGE簇（G 1-G4）,24个谱型,带型间相似性达到86.1%-100%,表明各菌株亲源关系较近,PFGE的分型结果与样品来源的生长地点、养殖模式、发病症状、苗种来源、对虾生长阶段等具有相关性,说明在江苏省内由副溶血弧菌引起的凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死综合症的发生已经存在流行趋势。4个不同PFGE聚类簇的谱型存在一定的差异,这与28株菌的来源、养殖模式、发病症状以及发病对虾不同生长阶段有关。本研究初步建立了江苏省内凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死症弧菌的PFGE数据资料,以便在预警防控过程中快速将不同发病样品或可疑对虾样品的副溶血性弧菌PFGE谱带与本研究结果进行比较。根据同一来源对虾个体具有共同的遗传物质,在PFGE谱带中表现出相同的指纹图谱这一原理,分析菌株间的亲缘关系,研究某疾病的传染源、流行范围等,并在此基础上进行疾病的预警预控,采取有效措施防控凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死综合症。从江苏南部沿海滩涂沉积物中分离得到252株细菌,以14株凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死症致病性副溶血弧菌为指示菌,初筛和复筛后,获得1株拮抗效果较好的菌株H 0011;通过形态观察、生理生化特性和16S rRNA基因序列鉴定为普罗威登斯菌。利用普罗威登斯菌H 0011对凡纳滨对虾进行高密度胁迫安全性试验结果,试验期间浸浴组和投喂组对虾状态良好,没有发病和死亡现象,该菌株对凡纳滨对虾是安全的。菌株H 0011的发酵工艺结果,该菌最佳发酵生长条件为温度为30℃、盐度为10‰、pH为8、培养时间为20 h。本文首次对江苏地区不同苗种、不同地区、不同生长时期、不同养殖模式、不同死亡特点的凡纳滨对虾进行了AHPNS致病性弧菌收集及分子分型,认为江苏省内凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死综合症已形成流行趋势,为进一步开展江苏地区急性肝胰腺坏死综合症的分子流行病学研究提供技术资料;首次获得了对凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死症具有防控作用的高效拮抗作用菌,为该病的防控提供了新的思路。
二、肠道致病菌的流行趋势调查（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、肠道致病菌的流行趋势调查（论文提纲范文）
（1）2015～2019年长春市食源性疾病监测结果分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| abstract |
| 英文缩略词表 |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 食源性疾病现状 |
| 1.2 影响食源性疾病流行的因素 |
| 1.2.1 国际食品贸易 |
| 1.2.2 食品制造技术升级 |
| 1.2.3 自然灾害 |
| 1.2.4 网络食品 |
| 1.3 国外食源性疾病监测网络 |
| 1.4 国内食源性疾病监测网络 |
| 1.5 长春市食源性疾病监测工作 |
| 1.6 长春市监测的食源性疾病致病微生物 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 资料来源 |
| 2.2 资料内容 |
| 2.3 分类变量说明 |
| 2.4 质量控制 |
| 2.5 数据处理与分析 |
| 第3章 结果 |
| 3.1 食源性疾病病例监测情况 |
| 3.1.1 食源性疾病病例基本情况 |
| 3.1.2 监测病例时间分布 |
| 3.1.3 监测病例症状情况 |
| 3.1.4 监测病例的可疑暴露食品情况 |
| 3.1.5 监测病例报告医院所属县区情况 |
| 3.1.6 监测病例诊疗类型情况 |
| 3.1.7 监测病例报告医疗机构类型情况 |
| 3.1.8 监测病例共同就餐人发病情况 |
| 3.1.9 监测病例潜伏期情况 |
| 3.2 监测病例病原学监测情况 |
| 3.2.1 肠道致病菌检出情况 |
| 3.2.2 诺如病毒检出情况 |
| 3.2.3 致病微生物检出情况分析 |
| 3.2.4 诺如病毒检出多因素分析 |
| 第4章 讨论 |
| 4.1 食源性疾病监测病例基本信息分析 |
| 4.2 监测病例症状分析 |
| 4.3 暴露食品分析 |
| 4.4 病例报告情况 |
| 4.5 食源性疾病潜伏期分析 |
| 4.6 致病微生物检出情况 |
| 4.6.1 肠道致病菌检出情况分析 |
| 4.6.2 诺如病毒检出情况及多因素分析 |
| 4.7 研究的局限性及展望 |
| 第5章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介及攻读硕士期间取得的科研成果 |
| 致谢 |
（2）玉林市健康服务从业人员携带沙门菌的特征分析及病原耐药研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 中英文缩略词表 |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.1.1 沙门菌感染 |
| 1.1.2 健康服务从业人员携带沙门菌 |
| 1.1.3 沙门菌血清型 |
| 1.1.4 沙门菌耐药 |
| 1.1.5 沙门菌携带耐药基因 |
| 1.1.6 小结 |
| 1.2 研究目的 |
| 1.3 研究意义 |
| 第2章 玉林健康服务从业人员体检沙门菌检出率 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 样本来源 |
| 2.1.2 纳入排除标准 |
| 2.1.3 主要试剂耗材 |
| 2.1.4 实验方法 |
| 2.1.5 统计学分析 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 玉林市健康服务从业人员沙门菌检出结果 |
| 2.2.2 玉林市健康服务从业人员沙门菌检出率单因素分析 |
| 2.2.3 玉林市健康服务从业人员沙门菌检出率logistic回归分析 |
| 2.3 讨论 |
| 第3章 玉林健康服务从业人员沙门菌血清型鉴定 |
| 3.1 材料及方法 |
| 3.1.1 主要试剂耗材 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 2013-2019 年玉林市健康服务从业人员沙门菌血清型种类 |
| 3.2.2 2013-2019 年玉林各年份之间血清型构成比 |
| 3.2.3 2013-2019 年玉林前20 位血清型两类职业携带率差异 |
| 3.3 讨论 |
| 第4章 玉林健康服务从业人员沙门菌耐药表型鉴定 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 主要仪器试剂耗材 |
| 4.1.2 实验方法 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 2013-2019 年玉林健康服务从业人员抗菌药物耐药率 |
| 4.2.2 2013-2019 年玉林健康服务从业人员抗菌药物MDR率 |
| 4.2.3 2013-2019 年玉林健康服务从业人员携带MDR沙门菌血清型 |
| 4.2.4 2013-2019 年玉林健康服务从业人员携带MDR沙门菌耐药谱 |
| 4.3 讨论 |
| 第5章 玉林健康服务从业人员沙门菌基因型鉴定 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 样本来源 |
| 5.1.2 主要仪器试剂 |
| 5.1.3 实验方法 |
| 5.1.4 样品测序 |
| 5.2 结果 |
| 5.2.1 喹诺酮基因检出情况 |
| 5.2.2 ESBL基因与mcr基因检出情况 |
| 5.3 讨论 |
| 第6章 总结 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 人携带沙门菌流行趋势与耐药情况的研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间的研究成果 |
（3）患病江豚微生态变化及迁地背景下江豚保护性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表(Abbreviation) |
| 第一部分 文献综述 |
| 1 长江江豚概况 |
| 1.1 江豚分类 |
| 1.2 江豚的地理分布 |
| 1.3 长江江豚的生活习性及特征 |
| 1.4 长江江豚现状 |
| 1.5 长江江豚保护生物学研究进展 |
| 2 长江江豚迁地保护概述 |
| 2.1 迁地保护 |
| 2.2 江豚迁地保护历史 |
| 2.3 长江江豚迁地保护现状 |
| 2.3.1 湖北石首天鹅洲江豚保护区天鹅洲故道江豚繁育群体 |
| 2.3.2 安徽铜陵淡水豚保护区夹江江豚繁育群体 |
| 2.3.3 安徽安庆西江迁地保护区江豚繁育群体 |
| 2.3.4 湖北何王庙/湖南集成垸迁地保护区江豚繁育群体 |
| 2.3.5 中国科学院水生生物研究所白鱀豚馆人工养殖种群 |
| 2.4 长江江豚迁地保护面临的问题 |
| 2.4.1 半自然水域长江江豚的繁殖生物学研究欠缺 |
| 2.4.2 长江江豚疫病防控体系不健全 |
| 2.4.3 人工调控和生态补偿机制不足 |
| 2.4.4 人为伤害和气候条件是潜在的致危因素 |
| 3 鲸豚类动物疾病研究进展 |
| 3.1 海洋鲸豚类动物细菌性疾病研究进展 |
| 3.2 海洋鲸豚类动物病毒性疾病研究进展 |
| 3.2.1 鲸豚源麻疹病毒 |
| 3.2.2 鲸类痘病毒 |
| 3.2.3 鲸类乳头状瘤病毒 |
| 3.2.4 疱疹病毒/类疱疹病毒 |
| 3.2.5 流感病毒 |
| 3.2.6 其他病毒 |
| 3.3 海洋鲸豚类动物真菌性疾病研究进展 |
| 3.4 海洋鲸豚类动物寄生虫性疾病研究进展 |
| 4 长江江豚疾病研究概况 |
| 4.1 长江江豚疾病研究现状 |
| 4.1.1 解剖学研究 |
| 4.1.2 血液生理学研究 |
| 4.1.3 饲养管理研究 |
| 4.1.4 疾病相关研究 |
| 4.2 有关长江江豚疾病防控的几点讨论 |
| 5 本研究的目的与意义 |
| 第二部分 试验部分 |
| 第一章 长江江豚细菌性疾病流行病学调查 |
| 1 研究背景 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 主要仪器设备 |
| 2.1.3 试验试剂 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 样品采集 |
| 2.2.2 长江江豚源细菌的分离鉴定 |
| 2.2.3 长江江豚肠道菌群16SrDNA测定 |
| 3 结果 |
| 3.1 长江江豚细菌性样品采集结果 |
| 3.2 细菌分离鉴定结果 |
| 3.2.1 呼吸孔样本细菌分离鉴定结果 |
| 3.2.2 粪便样本细菌分离鉴定结果 |
| 3.2.3 内脏组织细菌分离鉴定结果 |
| 3.2.4 皮肤病灶细菌分离鉴定结果 |
| 3.2.5 腹腔积液细菌分离鉴定结果 |
| 3.2.6 胸腔积液细菌分离鉴定结果 |
| 3.2.7 血液样本细菌分离鉴定结果 |
| 3.3 细菌分离培养形态及染色镜检结果 |
| 3.4 细菌理化鉴定结果 |
| 3.5 细菌PCR鉴定结果 |
| 3.6 长江江豚肠道菌群16SrDNA测定结果 |
| 3.6.1 测序数据处理 |
| 3.6.2 OTU分析和物种注释 |
| 3.6.3 各样品细菌多样性及相关性分析 |
| 4 分析与讨论 |
| 4.1 长江江豚样品采集方法和处理方法的选择 |
| 4.2 水生哺乳动物细菌性疾病检测方法 |
| 4.3 长江江豚细菌性疾病流行情况 |
| 4.4 江豚呼吸道菌群与疾病的相关性 |
| 4.5 江豚胃肠道菌群与疾病的相关性 |
| 4.6 长江江豚的主要致病菌 |
| 5 总结 |
| 第二章 长江江豚主要致病菌生物学特性研究 |
| 1 研究背景 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 细菌样本 |
| 2.1.2 试验动物 |
| 2.1.3 主要仪器设备 |
| 2.1.4 试验试剂 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 细菌培养特性观察 |
| 2.2.2 细菌理化特性鉴定 |
| 2.2.3 PCR扩增和测序 |
| 2.2.4 基因序列分析 |
| 2.2.5 药物敏感性试验 |
| 2.2.6 细菌致病性试验 |
| 3 结果 |
| 3.1 嗜水气单胞菌YHA-AQ株生物学特性研究结果 |
| 3.1.1 嗜水气单胞菌YHA-AQ株细菌培养特性 |
| 3.1.2 嗜水气单胞菌YHA-AQ株理化特性鉴定结果 |
| 3.1.3 嗜水气单胞菌YHA-AQ株遗传进化关系 |
| 3.1.4 嗜水气单胞菌YHA-AQ株药物敏感性试验结果 |
| 3.1.5 嗜水气单胞菌YHA-AQ株小鼠致病力试验 |
| 3.2 维氏气单胞菌YVA-AQ株生物学特性研究结果 |
| 3.2.1 维氏气单胞菌YVA-AQ株细菌培养特性 |
| 3.2.2 维氏气单胞菌YVA-AQ株理化特性鉴定结果 |
| 3.2.3 维氏气单胞菌YVA-AQ株遗传进化关系 |
| 3.2.4 维氏气单胞菌YVA-AQ株药物敏感性试验结果 |
| 3.2.5 维氏气单胞菌YVA-AQ株小鼠致病力试验 |
| 3.3 杀鲑气单胞菌YSA-AQ株生物学特性研究结果 |
| 3.3.1 杀鲑气单胞菌YSA-AQ株细菌培养特性 |
| 3.3.2 杀鲑气单胞菌YSA-AQ株理化特性鉴定结果 |
| 3.3.3 杀鲑气单胞菌YSA-AQ株遗传进化关系 |
| 3.3.4 杀鲑气单胞菌YSA-AQ株药物敏感性试验结果 |
| 3.3.5 杀鲑气单胞菌YSA-AQ株小鼠致病力试验 |
| 3.4 魔氏摩根菌YMM-AQ株生物学特性研究结果 |
| 3.4.1 魔氏摩根菌YMM-AQ株细菌培养特性 |
| 3.4.2 魔氏摩根菌YMM-AQ株理化特性鉴定结果 |
| 3.4.3 魔氏摩根菌YMM-AQ株遗传进化关系 |
| 3.4.4 魔氏摩根菌YMM-AQ株药物敏感性试验结果 |
| 3.4.5 魔氏摩根菌YMM-AQ株小鼠致病力试验 |
| 3.5 大肠杆菌YE-AQ株生物学特性研究结果 |
| 3.5.1 大肠杆菌YE-AQ株细菌培养特性 |
| 3.5.2 大肠杆菌YE-AQ株理化特性鉴定结果 |
| 3.5.3 大肠杆菌YE-AQ株遗传进化关系 |
| 3.5.4 大肠杆菌YE-AQ株药物敏感性试验结果 |
| 3.5.5 大肠杆菌YE-AQ株小鼠致病力试验 |
| 3.6 金黄色葡萄球菌YSS-AQ株生物学特性研究结果 |
| 3.6.1 金黄色葡萄球菌YSS-AQ株细菌培养特性 |
| 3.6.2 金黄色葡萄球菌YSS-AQ株理化特性鉴定结果 |
| 3.6.3 金黄色葡萄球菌YSS-AQ株遗传进化关系 |
| 3.6.4 金黄色葡萄球菌YSS-AQ株药物敏感性试验结果 |
| 3.6.5 金黄色葡萄球菌YSS-AQ株小鼠致病力试验 |
| 4 讨论 |
| 4.1 长江江豚常见致病菌的培养特性 |
| 4.2 长江江豚源细菌的鉴定方法 |
| 4.3 长江江豚源细菌的耐药性 |
| 4.4 长江江豚源细菌的致病性 |
| 5 结论 |
| 第三章 长江江豚病毒性疾病研究初探 |
| 1 研究背景 |
| 1.1 病毒性疾病对人和动物的危害 |
| 1.2 长江江豚病毒性疾病研究现状 |
| 1.3 未知病毒检测方法研究进展 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 病料样本 |
| 2.1.2 试验仪器 |
| 2.1.3 试验试剂耗材 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 试验流程 |
| 2.2.2 测序数据质控 |
| 3 结果 |
| 3.1 测序数据质控 |
| 3.2 去除宿主污染 |
| 3.3 病毒组成分析 |
| 3.4 数据组装 |
| 3.5 病毒序列鉴定 |
| 3.5.1 基于参考序列的鉴定 |
| 3.5.2 Denovo病毒序列鉴定 |
| 3.5.3 基于参考序列鉴定与Denovo序列鉴定的比较 |
| 3.6 病毒丰度 |
| 3.7 基因预测 |
| 3.8 功能分析 |
| 4 分析与讨论 |
| 4.1 高通量测序技术与未知病毒检测 |
| 4.2 长江江豚病毒宏基因组学样本的处理 |
| 4.3 检测相关病毒分析 |
| 5 总结 |
| 第四章 长江江豚的饲养管理与疾病防治研究 |
| 1 研究背景 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 研究对象 |
| 2.2 研究方法 |
| 2.2.1 长江江豚的饲养管理 |
| 2.2.2 长江江豚血液学研究 |
| 2.2.3 长江江豚健康体检方法的建立 |
| 2.2.4 长江江豚疾病诊断与治疗方法研究 |
| 2.2.5 长江江豚典型病例诊治分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 长江江豚的饲养管理 |
| 3.1.1 围网环境下长江江豚的饲养管理 |
| 3.1.2 迁地保护区大面积水域长江江豚的饲养管理 |
| 3.1.3 疗养池长江江豚的饲养管理 |
| 3.2 长江江豚血液学研究 |
| 3.2.1 长江江豚血常规和血液生化指标测定方法的建立 |
| 3.2.2 长江江豚正常生理生化指标参考范围的确定 |
| 3.2.3 长江江豚生理生化指标与其疾病的相关性 |
| 3.2.4 长江江豚健康体检技术规范 |
| 3.2.5 长江江豚疾病诊断与治疗方法研究 |
| 3.2.6 长江江豚典型病例诊治分析 |
| 4 分析与讨论 |
| 5 结论 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 附录 博士期间发表论文 |
| 致谢 |
（4）临床分离碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌的分子生物学特征及酶抑制动力学的研究（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 正文一 临床分离碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯致病菌的分子生物学特征及其临床意义 |
| 1.前言 |
| 2.材料和方法 |
| 3.结果 |
| 4.讨论 |
| 5.结论 |
| 6.参考文献 |
| 正文二 卡托普利逆转产金属酶肺炎克雷伯菌耐药的体内外相关研究 |
| 1.前言 |
| 2.材料与方法 |
| 3.结果 |
| 4.讨论 |
| 5.结论 |
| 6.参考文献 |
| 正文三 卡托普利抑制IMP-4金属酶活性的动力学研究 |
| 1.前言 |
| 2.材料和方法 |
| 3.结果 |
| 4.讨论 |
| 5.结论 |
| 6.参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 综述 产碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌的流行病学及治疗的调查研究 |
| 1.前言 |
| 2.流行病学 |
| 3.碳青霉烯酶的检测 |
| 4.碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌感染的治疗进展 |
| 5.结语 |
| 6.参考文献 |
（5）广西部分农村地区人群华支睾吸虫感染风险因素及其肠道菌群研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 1 华支睾吸虫病概况 |
| 1.1 华支睾吸虫病原学 |
| 1.2 华支睾吸虫流行状况 |
| 1.3 华支睾吸虫病的危害 |
| 1.4 华支睾吸虫病诊断 |
| 2 肠道菌群概述 |
| 2.1 肠道菌群结构 |
| 2.2 肠道菌群与人体健康 |
| 2.3 肠道菌群在寄生虫领域研究进展 |
| 参考文献 |
| 第一部分 广西部分农村地区人群华支睾吸虫感染风险因素分析 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验样本 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.1.3 主要材料及仪器 |
| 2.2 主要方法 |
| 2.2.1 调查点与调查对象选择及调查问卷设计 |
| 2.2.1.1 调查点选择 |
| 2.2.1.2 调查对象纳入排出标准 |
| 2.2.1.3 调查问卷设计 |
| 2.2.2 调查方法 |
| 2.2.3 粪便改良加藤厚涂片法镜检 |
| 2.2.4 质量控制 |
| 2.2.5 统计学分析 |
| 2.2.6 调查变量的定义 |
| 3 结果 |
| 3.1 研究对象基本信息 |
| 3.2 影响华支睾吸虫感染的单因素logistic回归分析 |
| 3.3 影响华支睾吸虫感染的多因素logistic回归分析 |
| 4 讨论 |
| 参考文献 |
| 第二部分 广西部分农村地区人群华支睾吸虫感染调查及病原分子鉴定 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验样本 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.1.3 主要仪器 |
| 2.1.4 试剂配制 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 调查点与调查对象选择及调查问卷设计 |
| 2.2.1.1 调查点选择 |
| 2.2.1.2 调查对象纳入排出标准 |
| 2.2.1.3 调查问卷设计 |
| 2.2.2 调查方法 |
| 2.2.3 粪便改良加藤厚涂片法镜检 |
| 2.2.4 华支睾吸虫分子鉴定 |
| 2.2.4.1 华支睾吸虫成虫DNA提取 |
| 2.2.4.2 粪便样本DNA提取 |
| 2.2.4.3 PCR扩增ITS2基因 |
| 2.2.4.4 PCR产物测序 |
| 2.2.5 统计学分析 |
| 2.2.6 分析软件 |
| 3 结果 |
| 3.1 调查点及调查对象基本情况 |
| 3.2 广西藤县农村地区华支睾吸虫感染状况 |
| 3.3 华支睾吸虫分离株分子鉴定 |
| 4 讨论 |
| 参考文献 |
| 第三部分 华支睾吸虫感染人群肠道菌群研究 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 人群粪便样本 |
| 2.2 研究对象诊断标准及分组 |
| 2.3 主要实验仪器 |
| 2.4 主要试剂 |
| 2.5 粪便样本DNA提取 |
| 2.6 16S rRNA基因扩增V3-V4区域 |
| 2.7 扩增产物纯化及定量 |
| 2.8 测序文库制备 |
| 2.9 序列优化 |
| 2.10 生物信息学与统计学分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 调查对象基本情况 |
| 3.2 高通量测序结果及0TU聚类分析 |
| 3.3 华支睾吸虫感染人群肠道菌群Alpha多样性分析 |
| 3.4 华支睾吸虫感染人群肠道物种丰度分析 |
| 3.5 华支睾吸虫感染人群肠道菌群结构分析 |
| 3.6 肠道菌群与华支睾吸虫感染者EPG相关性分析 |
| 4 讨论 |
| 参考文献 |
| 结论 |
| 附录 |
| 个人简历 |
| 致谢 |
| 硕士期间发表文章 |
| 附件 |
（6）北京大型社区成人感染性腹泻肠道致病菌监测与耐药性分析（论文提纲范文）
| 材料和方法 |
| 1研究对象 |
| 2培养基及试剂 |
| 3细菌培养与鉴定 |
| 4药物敏感试验 |
| 5统计学处理 |
| 结果 |
| 1肠道致病菌检测结果 |
| 2肠道致病菌的季节分布 |
| 3主要肠道致病菌的药物敏感率 |
| 讨论 |
（7）一起食源性感染暴发的病原学分析及分子分型（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 缩略语/符号说明 |
| 前言 |
| 研究现状、成果 |
| 研究目的、方法 |
| 1.1 材料和方法 |
| 1.2 结果 |
| 1.3 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 发表论文和参加科研情况说明 |
| 综述 猪霍乱沙门菌的流行与耐药趋势 |
| 综述参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（8）衢州市感染性腹泻流行病学研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 1 引言 |
| 2 研究对象和方法 |
| 2.1 研究对象 |
| 2.2 样本采集和检测 |
| 2.3 调查质量控制 |
| 2.4 统计学方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 感染性腹泻流行特征分析 |
| 3.2 感染性腹泻病原学检测 |
| 3.3 食品、外环境样本检测结果 |
| 3.4 感染性腹泻同食品、外环境之间的关系 |
| 3.5 儿童感染性腹泻的危险因素调查 |
| 4 讨论 |
| 4.1 感染性腹泻发病率 |
| 4.2 病原体分类 |
| 4.3 食品、外环境污染现象 |
| 4.4 感染性腹泻同食品、外环境之间关系 |
| 4.5 儿童感染性腹泻的影响因素 |
| 4.6 不足与展望 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 感染性腹泻高发与食品、外环境肠道致病菌污染状况研究进展 |
| 参考文献 |
| 作者简历及在学期间所取得的科研成果 |
（9）胭脂鱼运动型气单胞菌败血症及弯口吸虫病初步研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 鱼类运动型气单胞菌败血症研究进展 |
| 1.1.1 运动型气单胞菌简介 |
| 1.1.2 病原菌鉴定方法 |
| 1.1.3 运动型气单胞菌败血症的病症及危害 |
| 1.1.4 运动型气单胞菌的致病基础与感染途径 |
| 1.1.5 转录组研究鱼类运动型气单胞菌败血症 |
| 1.1.6 运动型气单胞菌败血症的防治措施 |
| 1.2 鱼类弯口吸虫病研究进展 |
| 1.2.1 弯口吸虫简介 |
| 1.2.2 弯口吸虫病的病症及危害 |
| 1.2.3 弯口吸虫与宿主互作研究 |
| 1.2.4 弯口吸虫病流行病学研究 |
| 1.2.5 弯口吸虫病的防治方法 |
| 1.3 本研究目的与意义 |
| 第2章 胭脂鱼运动型气单胞菌败血症病原菌分离鉴定及防治药物筛选 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验鱼来源 |
| 2.1.2 病原菌分离与鉴定 |
| 2.1.3 人工感染实验 |
| 2.1.4 病原菌毒力因子鉴定 |
| 2.1.5 药敏实验 |
| 2.1.6 数据处理与分析 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 患病胭脂鱼病症描述 |
| 2.2.2 病原菌生理生化和分子标记鉴定结果 |
| 2.2.3 病原菌回感实验结果 |
| 2.2.4 病原菌毒力因子鉴定结果 |
| 2.2.5 药敏实验结果 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 生理生化和分子生物学方法鉴定病原菌 |
| 2.3.2 毒力因子分布与气单胞菌致病性的关系 |
| 2.3.3 气单胞菌的耐药性问题 |
| 2.3.4 胭脂鱼运动型气单胞菌败血症的防治措施 |
| 2.4 小结 |
| 第3章 胭脂鱼运动型气单胞菌败血症的病理特征 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 细菌感染实验 |
| 3.1.2 显微结构观察样本处理 |
| 3.1.3 超微结构观察样本处理 |
| 3.1.4 组织病理特征定量与半定量描述 |
| 3.1.5 数据统计分析 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 病理特征的定量与半定量描述 |
| 3.2.2 MAS对肾、脾和肝脏组织结构的影响 |
| 3.2.3 MAS对肾、脾和肝脏超微结构的影响 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 MAS诸多病理现象背后的意义 |
| 3.3.2 MAS进程中组织MMC响应策略 |
| 3.4 小结 |
| 第4章 胭脂鱼对运动型气单胞菌败血症的免疫应答机制 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 细菌感染和取材 |
| 4.1.2 感染前后脾脏总RNA提取 |
| 4.1.3 RNA质检、cDNA建库和测序 |
| 4.1.4 实验数据处理 |
| 4.1.5 差异表达基因及其功能通路分析 |
| 4.1.6 实时荧光定量PCR(qRT-PCR) |
| 4.1.7 数据统计分析 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 RNA-seq分析和de novo组装 |
| 4.2.2 基因功能注释 |
| 4.2.3 Unigene功能注释和代谢通路分析 |
| 4.2.4 差异表达基因鉴定和注释 |
| 4.2.5 差异表达基因的GO富集分析 |
| 4.2.6 差异表达基因的代谢通路分析 |
| 4.2.7 实时荧光定量PCR验证差异表达基因 |
| 4.2.8 MAS引起大量免疫相关基因表达显着上调 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 胭脂鱼脾脏的免疫功能 |
| 4.3.2 MAS激活信号转导通路 |
| 4.3.3 MAS导致机体产生强烈的免疫反应 |
| 4.4 小结 |
| 第5章 胭脂鱼弯口吸虫病病原、病症及病因初步研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 实验鱼来源 |
| 5.1.2 寄生虫分离与鉴定 |
| 5.1.3 感染状况分析 |
| 5.1.4 病因调查分析 |
| 5.1.5 数据处理与分析 |
| 5.2 实验结果 |
| 5.2.1 囊蚴形态特征 |
| 5.2.2 囊蚴分子标记CO1和ITS序列分析及系统发育树构建 |
| 5.2.3 囊蚴在胭脂鱼组织中的寄生部位与感染情况分析 |
| 5.2.4 囊蚴寄生对胭脂鱼生长指标的影响 |
| 5.2.5 弯口吸虫生活史调查结果 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 胭脂鱼是扁弯口吸虫的又一中间宿主 |
| 5.3.2 扁弯口吸虫寄生对胭脂鱼生长存在明显不利影响 |
| 5.3.3 如何有效防治胭脂鱼的弯口吸虫病 |
| 5.4 小结 |
| 结论与展望 |
| 本研究的主要创新点 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在读期间发表论文情况 |
| 在读期间主持及参与项目情况 |
（10）凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死症弧菌江苏株的分子分型及其拮抗菌筛选（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 引言 |
| 1.1 分子分型技术 |
| 1.1.1 质粒酶谱分型法 |
| 1.1.2 DNA限制性内切酶法 |
| 1.1.3 核糖体分型(Ribotyping) |
| 1.1.4 扩增片段长度多态性(AFLP)分析 |
| 1.1.5 随机扩增多态性DNA片段(RAPD) |
| 1.1.6 基因外重复回文序列PCR(Rep-PCR) |
| 1.1.7 多位点序列分型(MLST) |
| 1.1.8 脉冲场凝胶电泳(PFGE) |
| 1.2 微生物防治对虾病害的研究进展 |
| 1.2.1 分泌抗菌物质 |
| 1.2.2 微生物改变对虾体内外环境 |
| 1.2.2.1 微生物作为水质改良剂 |
| 1.2.2.2 微生物调节对虾体内微生态平衡 |
| 1.2.3 提高对虾免疫力 |
| 1.2.4 营养争夺 |
| 1.2.5 展望 |
| 1.3 本论文的研究目的意义和主要内容 |
| 第二章 凡纳滨对虾AHPNS致死性弧菌的分离与鉴定 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 实验培养基及试剂配制 |
| 2.1.3 主要器材及设备 |
| 2.1.4 主要试剂 |
| 2.1.5 病原菌的分离纯化与保存 |
| 2.1.6 AHPNS病原菌的确认及鉴定 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 病原菌的分离纯化与保存 |
| 2.2.2 AHPNS病原菌的确认及鉴定 |
| 2.3 讨论 |
| 小结 |
| 第三章 凡纳滨对虾AHPNS副溶血弧菌的PFGE分子分型 |
| 3.1 实验仪器和材料 |
| 3.1.1 实验所用菌株 |
| 3.1.2 主要试剂 |
| 3.1.3 实验仪器 |
| 3.1.4 实验试剂及其配制 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 细菌培养 |
| 3.2.2 胶块的制备 |
| 3.2.3 细胞的裂解 |
| 3.2.4 洗胶块 |
| 3.2.5 胶块内DNA的酶切 |
| 3.2.6 制胶和加样 |
| 3.2.7 电泳 |
| 3.2.8 获取图像 |
| 3.2.9 数据的分析 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 28株副溶血弧菌的PFGE分子分型结果 |
| 3.3.2 28株副溶血弧菌PFGE簇不同地点的分布 |
| 3.3.3 28株副溶血弧菌PFGE簇不同生长时期的分布 |
| 3.3.4 28株副溶血弧菌PFGE簇不同养殖模式的分布 |
| 3.3.5 28株副溶血弧菌PFGE簇不同发病特点的分布 |
| 3.3.6 28株副溶血弧菌PFGE簇不同苗种分布 |
| 3.4 讨论 |
| 小结 |
| 第四章 对虾致病性弧菌拮抗菌的筛选 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 所用仪器及设备 |
| 4.1.3 主要生化试剂 |
| 4.1.4 培养基及主要试剂配置 |
| 4.1.5 实验方法 |
| 4.1.5.1 拮抗菌分离与筛选 |
| 4.1.5.2 菌株鉴定 |
| 4.1.5.3 菌株安全性试验 |
| 4.1.5.4 菌株生长特性 |
| 4.1.6 结果 |
| 4.1.6.1 拮抗菌的分离筛选 |
| 4.1.6.2 菌株鉴定 |
| 4.1.6.2.1 菌株的形态特征 |
| 4.1.6.2.2 生理生化结果 |
| 4.1.6.2.3 16SrDNA基因序列分析以及系统发育树的构建 |
| 4.1.6.3 安全性实验 |
| 4.1.6.4 菌株的生长特性 |
| 4.3 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
四、肠道致病菌的流行趋势调查（论文参考文献）
- [1]2015～2019年长春市食源性疾病监测结果分析[D]. 米魁. 吉林大学, 2021(01)
- [2]玉林市健康服务从业人员携带沙门菌的特征分析及病原耐药研究[D]. 王梦玉. 南昌大学, 2021(01)
- [3]患病江豚微生态变化及迁地背景下江豚保护性研究[D]. 刘志刚. 华中农业大学, 2020
- [4]临床分离碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌的分子生物学特征及酶抑制动力学的研究[D]. 赵冬梅. 安徽医科大学, 2019(07)
- [5]广西部分农村地区人群华支睾吸虫感染风险因素及其肠道菌群研究[D]. 徐梦. 中国疾病预防控制中心, 2019
- [6]北京大型社区成人感染性腹泻肠道致病菌监测与耐药性分析[J]. 祝天阳,杨江辉,王利君,段宁,肖楠. 标记免疫分析与临床, 2019(05)
- [7]一起食源性感染暴发的病原学分析及分子分型[D]. 朱艳. 天津医科大学, 2019(02)
- [8]衢州市感染性腹泻流行病学研究[D]. 曹国平. 浙江大学, 2019(03)
- [9]胭脂鱼运动型气单胞菌败血症及弯口吸虫病初步研究[D]. 李芳. 西南大学, 2019(01)
- [10]凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死症弧菌江苏株的分子分型及其拮抗菌筛选[D]. 甄晓然. 上海海洋大学, 2019(03)