一、用微卫星标记验证水稻4N×2N早世代群体的稳定性（论文文献综述）
吕士凯[1]（2021）在《真菌胁迫响应TaNAC基因和小麦杂种衰亡分子机理研究》文中研究表明小麦（Triticum aestivum L.）是世界上最主要的粮食作物之一,条锈病和白粉病均是严重威胁小麦生产安全的病害。小麦杂种衰亡是一种并不少见的过早衰老或过早死亡表型,是优良基因转移及品种改良的障碍。杂种衰亡可能是由植物响应病原菌胁迫相关基因进化出多效性的叠加导致的。NAC转录因子基因家族在植物衰老和生物胁迫响应中均发挥重要的调节作用。开展小麦抗病研究,挖掘抗病TaNAC基因并探究其抗病机制,对保证小麦生产安全具有重要意义,且有助于丰富对小麦抗病机制的理解。开展小麦杂种衰亡的遗传规律分析验证、调控基因的精细定位及调控机制的多组学研究,有助于克隆杂种衰亡调控基因并解析其分子基础和调控机理,有助于消除杂种衰亡基因对育种选择造成的障碍,促进小麦育种事业的发展。同时开展小麦真菌胁迫响应、杂种衰亡及相关NAC转录因子调控的研究,明确三者的关系,有助于丰富对植物抗病基因功能与机制的理解,促进小麦聚合抗病基因杂交育种进程。本研究以兼抗白粉病与条锈病的普通小麦优异种质N9134为材料,在两种病菌胁迫下对TaNAC基因进行系统性克隆。按照从N9134得到和从小麦参考基因组提取两类,对TaNAC转录本进行比对分析,同时分析克隆得到TaNAC转录本的特征,研究它们结构变异与真菌胁迫的关系,进一步探究TaNAC基因可变剪切在小麦真菌胁迫响应中的调控规律。基于多种不同遗传群体,开展小麦杂种衰亡研究,分析并完善Ne基因的复等位基因、剂量效应等理论。创制杂种衰亡回交分离群体并结合开发的SNP标记,构建了冬小麦Ne1和Ne2的高密度遗传图谱。基于杂交测验和分子标记检测,系统分析Ne1和Ne2在我国小麦品种（系）中的分布情况。此外,基于背景一致的性状分离遗传群体（两种表型4种基因型）,借助转录组（2+3）、蛋白组和代谢组测序技术,开展小麦杂种衰亡调控机制的研究。主要研究结果如下:1、小麦TaNAC基因家族被重新鉴定为包括460个基因位点的559个转录本（IWGSC Ref Seq v1.1）;发现N9134中约1/3（54/154）的TaNAC基因在苗期参与白粉菌和条锈菌胁迫的响应过程。从两种真菌胁迫的N9134中,获得186个TaNAC转录本（167个为克隆得到）,其中180个为新转录本并上传到Gen Bank。发现真菌胁迫的N9134中,差异表达TaNAC基因转录的“非正常”编码转录本的比例更高（p=0.0098）,TaNAC MTFs编码序列的比例相对参考基因中的比例更高（p=0.003）;发现紧随NAM结构域、且相对保守的氨基酸基序（WV[L/V]CR）可能与TaNAC转录因子响应真菌胁迫有关。结果表明,小麦TaNAC基因可以通过形成不同结构变异转录本的方式响应真菌胁迫。发现并整理的响应条锈病和（或）白粉病胁迫的TaNAC及其结构变异转录本,为解析TaNAC参与小麦对生物胁迫的响应机制提供了丰富资源。2、选取由13个基因可变剪切形成的35个TaNAC转录本进行深入分析,发现可变剪切事件通过改变转录本的序列结构,进而改变其编码产物的结构、理化性质等,最终影响其亚细胞定位和转录调控活性等。通过分析TaNAC基因及其编码区的靶标taemi RNAs,发现具有可变剪切转录本的TaNAC基因与tae-mi RNA的结合位点均位于非可变剪切区域。综合上述结果推断,TaNAC基因可以通过可变剪切的转录后调控方式参与小麦响应真菌胁迫的过程;靶定位点在TaNAC基因编码区的tae-mi RNA可以独立于可变剪切行使转录后调控功能。3、构建了冬小麦Ne1和Ne2的高密度遗传图谱,其中,Ne1位于5BL上的标记NWU5B4137（383.40 Mb）和NWU5B5114（388.01 Mb）之间（IWGSC Ref Seq v1.0）,两标记相距0.50 c M;Ne2与2BS上的标记Lseq102（156.59 Mb）和TC67744（157.76Mb）共分离。系统遗传分析发现,N9134的Ne1不同于Spica和Ta4152-60的Ne1,周麦22的Ne2不同于Manitou、WL711和Pan555的Ne2;Ne基因的剂量效应也存在于中度和重度杂种衰亡系统,遗传背景也可能影响杂种衰亡的症状。通过系统分析国内外1364种小麦品种（系）中Ne1和Ne2的基因型频率,明确了二者在我国小麦主产区中呈现离散分布的特征及比例;发现我国现代小麦品种（系）Ne基因型频率的现状应该由地方品种（系）（贡献Ne1）和现代引进品种（系）（贡献Ne2）共同作用形成。根据本研究的材料及其系谱分析推断,冬小麦的Ne1可以直接来源于野生二粒小麦,而Ne2可能起源于黑麦。本研究为图位克隆Ne1和Ne2打下了坚实基础,向更好地理解小麦杂种衰亡迈出了重要一步。4、利用衰亡表型且基因型为Ne1Ne2的样本与正常表型基因型分别为Ne1ne2ne2、ne1ne1Ne2、ne1ne1ne2ne2的样本,通过转录组（2+3）、蛋白质组和代谢组联合分析,发现杂种衰亡过程主要涉及植物与病原体的互作（ko04626）、植物激素信号转导（ko04075）、内质网中的蛋白质加工（ko04141）、氨基酸的生物合成（ko01230）、苯丙烷类化合物的生物合成（ko00940）、α-亚麻酸代谢（ko00592）等KEGG途径。推断:植株防御系统失调引起在没有病菌侵染时防御反应仍被激活,产生最初的代谢产物（氨基酸）;而Ne1和Ne2协同表达,导致前述产物代谢途径失调,使其持续积累;达到一定浓度后,其作为反应底物或信号物质,激活茉莉酸（Jasmonic acid,JA）信号介导的衰老和病程相关程序性细胞死亡,继续产生并积累各种氨基酸,循环往复持续进行,导致Ne1Ne2基因型植株从一定发育阶段开始,表现细胞死亡加速的杂种衰亡性状;NAC转录因子参与这一过程的调控,且茉莉酸起关键信号转导作用。由防御系统失调引起的病程相关程序性细胞死亡,既是杂种衰亡性状的启动因素,也是杂种衰亡表型的主要形式。
刘津[2]（2019）在《深县猪不同世代间遗传变异的研究》文中指出为了分析深县猪保种群的保种效果,为深县猪及其同类地方猪群体保种方案的制定与调整提供理论依据,采用分层随机抽样的方法采集深县猪1-4世代的耳组织样164份,用线粒体基因组中进化速度较快的5个基因为标记和核基因组中27个微卫星位点两种分子标记对线粒体基因组和核基因组这两套遗传物质进行检测,结果如下:1.微卫星分子标记的监测结果显示,各世代的平均有效等位基因数在3.8681-4.1910之间,平均多态信息含量在0.5932-0.6545之间,平均期望杂合度在0.6497-0.6909之间,平均固定指数0.5043-0.5215。随着世代的更替,四个世代保种群的等位基因数逐代上升,保种的过程中未发现等位基因在传递过程中全部丢失的情况,各个世代的PIC值都高于0.5,可见整个种群呈现出高度多态,分析可以看出世代与世代间平均PIC值相差不大,这证明深县猪在保种过程中保持了稳定的多样性;4个世代虽然出现了近交现象,但近交程度没有出现升高的趋势。2.在深县猪mtDNA 5个基因4个世代群体的120条序列中,共检测出32种单倍型、27个变异位点,其中转换6次,颠换11次,颠换次数明显高于转换,说明深县猪群体有较强的偏倚性。深县猪1、2、3和4世代mtDNA 5个基因平均单倍型样度（HD）在0.3088-0.3794之间,平均核苷酸差异数（K）在0.3778-0.6467之间,核苷酸多样度（Pi）在0.000306-0.000452之间。群体内的平均单倍型多样性和核苷酸多样性在4个世代的变化保持稳定。4个世代均采用Tajima’s D值进行中性检验,经检验均不显着,符合中性突变。说明深县猪在世代传递过程中群体大小稳定,且保持了遗传多样性的稳定。3.对比两种遗传标记对深县猪遗传多样性检测结果,并与其他品种相比,深县猪核基因组的遗传多样性丰富,但线粒体DNA遗传多样性贫乏。证明深县猪恢复群体在起始世代有较好的遗传多样性,但母系来源较狭窄。父系血缘较丰富,对该群体遗传多样性具有重要贡献。4.在深县猪mtDNA CytB基因全序列NJ进化树中,深县猪三种单倍型聚为同一分支,母系来源单一,与莱芜猪、大蒲莲猪等山东品种遗传距离较近。由上述结果可得出如下结论:两种分子标记结果均显示深县猪在世代的遗传过程中群体数量保持稳定,遗传多样性处于平稳的水平,保种起到了良好的效果。
李清清[3]（2019）在《中华绒螯蟹色泽遗传参数评估及色泽形成机制研究》文中研究指明中华绒螯蟹（Eriocheir sinensis）简称河蟹、大闸蟹,是我国最重要的养殖经济蟹类。色泽是评价中华绒螯蟹营养品质的一个重要指标,色泽主要与类胡萝卜的种类、含量和存在形式有关。本文首先评估中华绒螯蟹色泽和类胡萝卜素的遗传力以及色泽和类胡萝卜素的相关性,进一步比较不同色泽中华绒螯蟹亲本营养品质、繁殖性能和子一代养殖性能的差异,最后探讨了虾青素结合蛋白（虾青蛋白）对中华绒螯蟹色泽调控的影响,以期为中华绒螯蟹以色泽和类胡萝卜素为目标性状的营养品质育种提供理论基础和实践依据。主要包括下列内容:（1）中华绒螯蟹色泽与类胡萝卜素遗传参数评估首先,评估了中华绒螯蟹蟹壳、肝胰腺和卵巢的色泽参数亮度（L*）、红度（a*）、黄度（b*）和色差值（dE*）的遗传力、遗传相关和表型相关。利用10个多态性微卫星标记鉴定了25个全同胞家系的678只蟹。结果表明蟹壳、肝胰腺和卵巢色泽遗传力很低,蟹壳的色泽L*、a*、b*和dE*遗传力分别为0.05±0.04、0.00±0.03、0.00±0.01和0.04±0.03,肝胰腺分别为0.00±0.00、0.00±0.00、0.00±0.02和0.00±0.03,卵巢分别为0.00±0.02、0.09±0.06、0.00±0.04和0.00±0.03。在遗传相关和表型相关中,蟹壳中最强的遗传和表型相关性是dE*和a*,肝胰腺L*和b*之间遗传和表型相关性最强,卵巢中最强的正遗传和表型相关性是dE*和b*。其次,分析了蟹壳、肝胰腺和卵巢色泽之间的相关性,以及各组织色泽与类胡萝卜素的相关性。结果表明雌蟹蟹壳的a*显着高于雄蟹,雌蟹蟹壳或者肝胰腺的虾青素含量显着高于雄蟹。雌蟹肝胰腺a*与蟹壳的L*、a*、b*和dE*的无显着相关性,而雄蟹肝胰腺a*与蟹壳b*和dE*呈显着负相关。卵巢a*值与肝胰腺a*值和蟹壳a*值呈显着负相关。无论雌蟹还是雄蟹,蟹壳a*与蟹壳中总类胡萝卜素和虾青素呈显着相关,肝胰腺a*与肝胰腺中虾青素呈显着相关,肝胰腺b*与肝胰腺中β-胡萝卜素呈显着相关。卵巢a*值与卵巢中总类胡萝卜、虾青素和角黄素呈显着正相关,卵巢b*与β-胡萝卜素呈显着相关性。最后,进一步评估了中华绒螯蟹雌体蟹壳、肝胰腺和卵巢中类胡萝卜素遗传力、遗传相关和表型相关。结果表明蟹壳中总类胡萝卜素、虾青素和玉米黄素的遗传力分别为0.07±0.06、0.08±0.07、0.04±0.06,肝胰腺中的总类胡萝卜素、虾青素和β-胡萝卜素的遗传力分别为0.08±0.12、0.06±0.09、0.06±0.20,卵巢中的总类胡萝卜素、虾青素、叶黄素、玉米黄素、角黄素和β-胡萝卜素的遗传力分别为0.14±0.08、0.11±0.07、0.10±0.07、0.09±0.07、0.01±0.04、0.10±0.07。表型和遗传相关中,蟹壳中最强相关是总类胡萝卜素与虾青素为,肝胰腺最强相关是总类胡萝卜素与β-胡萝卜素,卵巢最强相关是总类胡萝卜素与虾青素。总之,中华绒螯蟹色泽和类胡萝卜素的遗传力很低,色泽a*与虾青素呈显着相关。（2）不同壳色中华绒螯蟹亲本类胡萝卜素、生殖性能和子一代养殖性能的比较首先,比较了长江野生紫壳和绿壳蟹亲本色泽、类胡萝卜素和脂肪酸。结果表明无论雌蟹还是雄蟹,紫壳蟹的壳、肝胰腺和卵巢的红度a*值均显着高于绿壳蟹。除了雌蟹的肝胰腺,紫壳蟹在壳、肝胰腺和卵巢中的总虾青素和酯化虾青素含量显着高于绿壳。紫壳蟹在所有组织中的酯化虾青素/总虾青素的比例均高于绿壳,但是两者没有显着性差异。就肝胰腺而言,无论雌体还是雄体,紫壳肝胰腺中的总类胡萝卜素和β-胡萝卜素显着高于绿壳个体。就卵巢而言,紫壳蟹卵巢中的总类胡萝卜素和叶黄素含量均显着高于绿壳蟹。紫壳雌蟹的C20:5n3（EPA）含量和n-3/n-6PUFA显着高于绿壳雌蟹,然而在雄蟹组织中紫壳蟹的C20:4n6（ARA）含量显着高于绿壳蟹。其次,比较了紫壳和绿壳中华绒螯蟹亲本的生殖性能、胚胎质量、胚胎色泽、类胡萝卜素、常规生化和脂肪酸组成。结果表明紫壳蟹的存活率明显比绿壳高,紫壳的抱卵率、生殖力和生殖指数略高于绿壳亲本,但是两组无显着差异。紫壳和绿壳中华绒螯蟹亲本的胚胎单卵湿重、单卵干重和卵径均无显着性差异。紫壳胚胎中叶黄素含量显着低于绿壳胚胎,两组的总类胡萝卜素、虾青素、玉米黄素、角黄素和β-胡萝卜素均无显着性差异。紫壳和绿壳亲本所产胚胎的水分、粗蛋白和粗脂肪含量均无显着性差异,但其脂肪酸组成差异显着,紫壳组胚胎的C20:4n6和C22:5n3显着高于绿壳组,然而紫壳的∑SFA和∑MUFA显着低于绿壳组胚胎。最后,比较了紫壳和绿壳子一代在扣蟹阶段的成活率、增重率、特定增长率、规格和色泽。紫壳亲本生壳的红度a*值显着高于绿壳亲本,但是子一代紫壳群体和绿壳群体扣蟹蟹壳色泽无显着性差异。在仔蟹阶段紫壳群体的平均体重、增重倍数、增重率和特定增重率都显着高于绿壳群体,然而两组的成活率无显着性差异。在9月份和10月份,无论雌蟹还是雄蟹,紫壳群体的平均体重显着高于绿壳群体。在6-7月份和7-8月份,紫壳群体和绿壳群体的增重率和特定增重率无显着性差异,在8-9月份紫壳群体的增重率和特定增重率显着高于绿壳群体。紫壳群体雌蟹的成活率显着低于绿壳群体,但是总体来说紫壳和绿壳两组的正常扣蟹的产量无显着性差异。就正常扣蟹体重而言,紫壳群体的雌蟹的平均体重显着高于绿壳群体。紫壳群体雌蟹在8-11.99 g和6-7.99 g之间的规格比例显着高于绿壳群体,而雄蟹在≥12 g和8-11.99 g之间的规格比例显着高于绿壳群体,紫壳群体雌蟹和雄蟹在<4 g规格的比例显着低于绿壳群体。总之,紫壳蟹亲本比绿壳蟹亲本具有更红的色泽和更高的营养品质,两组亲本生殖性能和胚胎质量基本无显着性差异,紫壳蟹和绿壳蟹子一代扣蟹色泽无明显差异。（3）中华绒螯蟹虾青蛋白基因克隆和表达分析本研究克隆了中华绒螯蟹虾青蛋白三个亚型CRCN-C1、CRCN-C2和CRCNA1的ORF全长,分别为591 bp、579 bp和594 bp。序列比对发现CRCN-C1、CRCN-C2和CRCN-A1三个基因都具有脂蛋白（lipocalin）家族中典型的保守区SCR-1、SCR-2、SCR-3。三个基因在不同组织的mRNA表达水平表明CRCN-C1主要在肌肉、肝胰腺和卵巢中表达,CRCN-C2主要在肝胰腺中表达量,CRCN-A1在肠道和内膜中表达相对较高。在卵巢发育的I-V期的肝胰腺中,CRCN-C1在第IV期表达水平达到最高水平,而CRCN-C2各个时期表达无显着差异且在III达到最低水平,CRCN-A1在I期的表达水平达到最高且显着高于II、III、IV时期。在卵巢发育的I-V期的卵巢中,CRCN-C1表达水平在各个时期之间无显着性差异,CRCNC2表达水平在III达到最高水平,CRCN-A1表达水平在III期最低。（4）长江水系野生和养殖中华绒螯蟹生殖性能和遗传多样性评估测定和比较了野生和养殖中华绒螯蟹亲本的生殖性能、胚胎质量、胚胎色泽、常规生化和脂肪酸组成。野生中华绒螯蟹亲本的生殖力、生殖指数和抱卵量略高于养殖亲本的,但两组无显着性差异,野生和养殖中华绒螯蟹亲本的胚胎单卵湿重、单卵干重和卵径无显着性差异;养殖组冻干胚胎的红度（a*）、黄度（b*）值和总类胡萝卜素含量显着高于野生组亲本,然而两组胚胎的亮度（L*）和色差值（dE*）无显着性差异;两组亲本所产胚胎的水分、粗蛋白和粗脂肪含量均无显着性差异,但其脂肪酸组成差异显着,野生组胚胎的C18:1n9、C18:1n7、C20:4n6、C22:5n3和C22:6n3显着高于养殖组,但其C18:2n6和C18:3n3含量显着低于养殖组。利用30个高度多态性的微卫星评估了中华绒螯蟹早熟和晚熟品系基础群体（G0）和选育第三代（G3）的遗传多样性。结果表明早熟和晚熟品系G0和G3的平均等位基因数（N）分别为18.367、16.533和18.500、16.533。两个品系选育世代的平均等位基因丰富度（Rs）出现了轻微的下降。早熟和晚熟品系G0和G3的平均观测杂合度（Ho）分别为0.655、0.705和0.665、0.702。早熟和晚熟品系的期望杂合度（He）保持相对稳定,范围为0.830到0.854。早熟和晚熟品系G0和G3的有效等位基因数（Ne）分别为492.2、193.2和1268.5、97.2。总之,虽然中华绒螯蟹群体选育后的Ne有所下降,但是群体遗传多样性并没有发生显着的变化。
李聪[4]（2018）在《陆地棉产量和纤维品质性状的杂种优势QTL定位与遗传基础研究》文中研究指明棉花是世界上种植最广泛的可再生天然纺织来源,棉花纤维产量和品质的遗传改良是棉花育种工作的首要目标。棉花产量和纤维品质性状均为数量性状,遗传基础复杂,且具有较强的杂种优势。本研究利用Cotton 63K Illumina SNP芯片,基于来自陆地棉品种间杂交组合（HS46×MARCABUCAG8US-1-88）的188个陆地棉重组自交系（RIL）,构建了具有超高密度的陆地棉种内遗传图谱,并在RIL群体以及在RIL群体和其亲本的基础上构建的永久F2（IF2）和回交Fi群体（BCF1）中,同时使用复合区间作图法和完备区间作图法对陆地棉产量和纤维品质性状进行QTL定位、杂种优势的遗传和QTL遗传效应解析,主要结果如下:（1）陆地棉SNP高密度遗传图谱的构建基于陆地棉RIL群体使用Cotton 63K SNP芯片构建了一张包含2618个多态性SNP标记,总长度为1784.28cM,密度为0.68cM的高密度遗传图谱;遗传图谱中的大多数SNP位点与它们在陆地棉物理图谱中相应染色体上的顺序相一致,与物理图谱具有较好的共线性;在所有上图的标记中,有13.29%的标记显着偏离1:1的分离比,其中大多数偏分离标记是成簇存在于同一染色体或同一个偏分离区域（SDR）内并且偏向同一个等位基因。（2）陆地棉杂种优势研究的遗传群体构建基于陆地棉RIL群体,按照不完全双列杂交方式创建了一套包含376个杂交组合的陆地棉IF2群体;两个亲本HS46和MARCABUCAG8US-1-88分别作为父本与RIL群体回交创建了两个陆地棉BCFi群体（HSBCF1和MARBCF1）。IF2群体和BCF1群体均为杂合群体,群体中的产量和纤维品质性状均表现出典型的数量性状特点,且各性状出现超亲分离。因此,IF2群体和BCF1群体可作为优良的杂种优势遗传研究和育种资源。此外,通过计算IF2群体和两个BCFi群体中每个杂交系的中亲优势值,获得了IF2MPH、HSBCFiMPH和MARBCF1MPH三个中亲优势值数据集,在MPH数据集中可通过定位杂种优势QTL直接分析杂种优势。（3）陆地棉产量和纤维品质性状的遗传特性在RIL、IF2、HSBCF1和MARBCF1群体中,衣分和纤维长度广义遗传率较高,单株果枝数和纤维整齐度广义遗传率较低,其他性状具有中等广义遗传率,表明产量和纤维品质性状受遗传和环境共同控制。在相关性分析中,皮棉产量与籽棉产量、单株铃数、单铃重在所有的群体中均显着正相关,因此可通过改善单株铃数和单铃重来增加产量;大部分纤维品质性状之间存在显着正相关,有利于实现纤维品质各性状的同步改良;籽棉产量和皮棉产量在四个群体中与马克隆值均存在显着正相关,在三个群体中与纤维伸长率和纤维强度为显着负相关,与纤维整齐度为显着正相关,因此,可以通过优化马克隆值,提高纤维整齐度,同时适度降低纤维强度,来达到培育高产优质陆地棉品种的目标。（4）陆地棉产量和纤维品质性状的杂种优势表现在RIL群体中,单株果枝数、单株铃数、籽棉产量和皮棉产量观察到明显的近交衰退;各纤维品质性状近交衰退现象并不明显,马克隆值和纤维伸长率有轻微杂交衰退。在IF2和两个BCF1群体中,籽棉产量、皮棉产量和单铃重观察到高水平的杂种优势;马克隆值、纤维长度和纤维强度观察到较高水平的杂种优势。（5）陆地棉产量和纤维品质性状的杂种优势QTL定位与遗传效应在单位点水平上,使用复合区间作图法,在RIL、IF2和两个BCF1数据集中总共定位到205个产量性状QTLs和196个纤维品质性状QTLs;在IF2MPH、HSBCF1MPH和MARBCF1MPH三个数据集中总共定位到138个产量性状杂种优势QTLs和65个纤维品质性状杂种优势QTLs。联合不同数据集定位到的QTLs进行效应分析表明,产量和纤维品质性状杂种优势遗传基础在不同群体中有所不同,部分显性和超显性效应是造成IF2群体杂种优势的主要原因,而加性效应和超显性效应是两个BCF1群体杂种优势的主要遗传基础;各遗传组分对产量各相关性状杂种优势的贡献表现出性状特异性,超显性和加性效应是籽棉产量、皮棉产量、单铃重和衣分杂种优势的主要遗传基础,超显性、部分显性和加性效应对单株铃数杂种优势均有作用,而超显性是引起单株果枝数杂种优势的主要原因;各遗传组分对纤维品质各性状杂种优势的贡献则较为相似,都是以加性效应和超显性效应为主。在两位点水平上,使用完备区间作图法,在RIL、IF2、HSBCF1和MARBCF1四个数据集中共定位到160个产量性状主效应QTLs（m-QTLs）和130个纤维品质性状m-QTLs,以及395个产量性状上位性QTLs（e-QTLs）和283个纤维品质性状e-QTLs;在IF2MPH、HSBCF1MPH和MARBCF1MPH数据集中共定位到86个产量性状杂种优势m-QTLs和25个纤维品质性状杂种优势m-QTLs,以及254个产量性状杂种优势e-QTLs和137个纤维品质性状杂种优势e-QTLs。大多数产量和纤维品质性状e-QTLs解释的表型贡献率高于m-QTLs,说明上位性对产量和纤维品质杂种优势的形成十分重要,且上位性以非主效应QTL位点参与的互作为主。此外,环境是影响产量和纤维品质相关m-QTLs和e-QTLs表达的关键因素。（6）陆地棉产量和纤维品质性状杂种优势QTL的遗传特征杂种优势QTL和控制产量及纤维品质性状表型的QTL存在部分重叠,说明杂种优势位点并不是独立存在的,而是与控制表型的位点共同对陆地棉产量杂种优势起作用;杂种优势QTL在染色体上并不是随机分布,而是以簇和热点的形式存在,在性状改良时,可以以此为重点研究区域,有利于加快性状改良的步伐;杂种优势QTL容易受环境影响,因此,在育种过程中必须考虑环境因素。综上所述,加性效应、部分显性、超显性、上位性及环境互作对陆地棉产量和纤维品质性状的杂种优势均有贡献,但超显性和上位性更为重要。本研究中检测到的显着产量和纤维品质相关杂种优势位点可用于进一步挖掘杂种优势基因,并将加快陆地棉杂交育种进程。
孟羽莎[5]（2018）在《甘薯高密度SSR分子连锁图谱的构建及干物质含量相关QTL的定位》文中研究指明1.根据甘薯品种徐薯18全基因组测序序列,设计1215对SSR引物。同时,根据本研究室构建的甘薯品系徐781的BAC文库末端测序序列设计1330对SSR引物。利用从甘薯品种漯徐薯8号（母本,高淀粉含量、低产、抗蔓割病）和郑薯20（父本,低淀粉含量、高产、感蔓割病）的杂交F1代分离群体中随机抽取的2个单株及其双亲,对所设计的SSR引物进行多态性筛选,分别获得273对和298对多态性SSR引物。2.从筛选得到的571对多态性SSR引物中随机选取100对,用20个甘薯品种进行多态性的评估,结果显示,选取的100对多态性引物均能扩增出清晰稳定的多态性条带,每对引物扩增的条带数为3～34条。引物多态性信息含量范围为0.4118～0.9558,平均为0.8406。3.通过毛细管电泳,用7对多态性SSR引物（4对g-SSR,3对EST-SSR）,构建了 96个甘薯品种的指纹图谱,共得到多态性条带47条。对其进行遗传多样性分析,结果表明,品种间遗传相似系数在0.4894～0.9574之间,变异主要来源于品种间而非地区间。4.以甘薯品种漯徐薯8号和郑薯20的杂交F1代分离群体的240个单株为作图群体,用筛选得到的571对多态性SSR引物进行扩增,两亲本中分别得到2428个和2678个SSR标记。根据pseudo-testcross策略及利用JoinMap 4.0软件,分别构建双亲的SSR分子连锁图谱,结果显示,双亲的图谱均包括90个连锁群。漯徐薯8号的连锁图谱由5057个SSR标记组成,总图距为13299.9 cM,标记间平均距离为2.6 cM。郑薯20的连锁图谱由3009个SSR标记组成,总图距为11122.9 cM,标记间平均距离为3.7 cM。5.运用MapQTL 5.0软件,对甘薯干物质含量相关的QTLs进行定位,共定位到6个主效QTL。在漯徐薯8号连锁图谱上定位到2个QTL,分别解释表型变异的18.7%和45.8%,均表现负向效应。在郑薯20连锁图谱上定位到4个QTL,解释表型变异的24.5%～29.7%,其中2个QTL表现正向效应。
聂智星[6]（2017）在《大豆新雄性不育细胞质的发掘，核不育基因的定位和产量杂种优势的QTL-等位变异解析》文中进行了进一步梳理大豆是重要的蛋白和油料作物,杂种优势利用是大豆提高产量的重要途径。质核互作雄性不育（Cytoplasmic male sterility,CMS）系和细胞核不育（Genic male sterility,GMS）系是杂种优势利用中的两类重要材料。水稻野败型细胞质的成功利用经验表明,优异的不育细胞质可能是农作物杂种优势利用的突破口。目前主要的大豆质核互作雄性不育细胞质供体亲本只有4个。因此,筛选新的大豆不育细胞质源并选育成不育系显得尤为重要。细胞核不育系在油菜、水稻等作物中的成功应用及前人对大豆细胞核不育系的制种研究表明,大豆细胞核不育系在杂种优势利用中具有潜在的应用价值。本课题组在2001年发现了一个育性稳定的细胞核不育突变体,且异交结实性好,因此对该细胞核不育材料进行研究可为其后续利用奠定基础。杂种优势利用一方面需要雄性不育系作为材料基础,另一方面需要选配强优势杂交组合。黄淮地区东南片是我国大豆生产的一个重要地区。筛选该地区的大豆产量强优势杂交组合并进行杂种优势遗传基础解析十分必要。本研究选择主要来源于黄淮地区东南片的优良大豆推广品种作为亲本,通过North Carolina Ⅱ试验设计（NCⅡ）,筛选大豆产量优异的杂交组合,同时利用高通量分子标记对大豆产量杂种优势的遗传基础进行全基因组解析,并为优良杂交组合的改良提出方案。主要研究内容如下:1大豆新雄性不育细胞质的发掘及新质核互作雄性不育系NJCMS4A的选育为筛选新的大豆质核互作雄性不育细胞质源,利用覆盖6个生态区的43份野生材料和44份地方品种,配制杂交组合。共得到143个杂交组合Fi,2012年获得其中45个组合的BC1F1回交种,发现[（N23239×N04631）F1×N04631]和[（N23661× N23658）F1×N23658]两个组合呈现部分不育特性,花粉萌发率（Pollengerminationrate,PGR）分别为10.05%和24.00-55.03%。对后一个组合连续回交至BC4F1代后得到了败育率为100%的植株,即新的大豆质核互作雄性不育系NJCMS4A。不育系NJCMS4A的细胞质来源于广东大埔地方品种N23661,同已有不育细胞质的来源均不相同。通过线粒体SSR（Simple sequence repeats,SSR）和ORF（Open reading frame,ORF）标记分析N23661和另外3个不育细胞质N8855、N21566、中豆19的线粒体发现:N23661的线粒体同N21566、中豆19存在差异;利用线粒体基因组比较的方法发现,N23661的线粒体基因组同N21566、N8855存在差异;利用前人已发表的线粒体标记SCAR821发现N23661的线粒体同另一不育细胞质汝南天鹅蛋存在差异。综上述,NJCMS4A的细胞质应为一新的不育细胞质,但本研究不能确定不同细胞质中的不育基因是否存在差异。2大豆隐性细胞核雄性不育突变体NJS-13H不育基因msNJ的定位及候选基因分析NJS-13H为一自然突变不育材料,其不育性受到一对隐性核基因的控制。采用BSA 法（Bulkedsegregateanalysis,BSA）将NJS-13H 的隐性不育基因位点msNJ初定位于第10号染色体的Satt550和Satt094两个标记之间。利用NJS-13H×NN1138-2F2、NJS-13H×N2899 F2 和 NJS-13H 高世代分离群体（Segregating population of advanced generations,SPAG）,3个群体的1075株隐性单株对不育基因msNJ进一步定位,最终将不育基因定位于3个群体定位区段的共有区域,10号染色体SSR标记BARCSOYSSR10794 和 BARCSOYSSR10819 之间,物理位置为 Gm10:29078678..30401139,共 1322461 bp。对该定位区段分析发现,共有27个候选基因,其中4个候选基因可能同雄性不育相关。对4个基因的cDNA序列分析发现,在雄性不育植株中Glyma.10G117000的编码区存在一个碱基突变,该突变导致了氨基酸的变化。结合qRT-PCR分析表明,Glyma.10G117000可能是NJS-13H的不育候选基因。3黄淮地区东南片大豆产量杂种优势的QTL遗传解析与改良黄淮地区东南片是我国大豆生产的一个重要地区。本研究挑选31份主要来源于黄淮地区东南片的优良高产大豆推广品种和3份美国大豆品种,2010-2013年按NCⅡ试验设计配制5X 10（2组）和5×5（1组）3组杂交组合。其中淮安试验点2010-2013年进行2组NCⅡ试验,临沂试验点2010-2011年进行1组NCⅡ试验,连续两年鉴定亲本及杂种F1产量、蛋白和油脂表现。分析大豆的杂种优势、筛选优异的杂交组合、定位与杂种产量显着相关的QTL（Quantitative trait loci,QTL）并对杂种改良提出策略。（1）黄淮地区东南片大豆产量的杂种优势分析杂交组合的产量、蛋白、油脂的杂种优势发现,大豆产量的杂种优势明显,而蛋白和油脂几乎没有杂种优势。在3组NCⅡ杂交组合中产量的超亲优势平均数分别为10.12%、5.01%、16.42%,产量最高的杂交组合分别为淮豆9号X南农88-31（3077.12kg/hm2）、徐豆 13 ×Bedford（4386.57kg/hm2）、冀豆 12X 临豆 9 号（3900.56 kg/hm2）。其超亲优势率分别为33.57%、30.84%、95.77%。在3组NCⅡ试验中,分别优选出7个、5个和7个高产高优势组合。（2）大豆Fi杂种产量相关QTL及等位变异效应解析利用软件PLSRCGA 1.0分别对3组NCⅡ试验杂交组合的产量数据进行分析,共检测到47个与大豆产量显着相关的QTL。其中QTL qHybyld-15-4在3组NCⅡ试验中均被检测到,qHybyld-2-3、qHybyld-2-8、qHybyld-3-1、qHHybyld-5-3、qHybyld-9-3、qHHybyld-15-2和qHybyld-15-5等7个QTL在两组NCⅡ试验中被检测到。全部47个QTL共对应41个候选基因。在3组NCⅡ试验中,对QTL-等位变异间的加性和显性效应进行估计。QTL-等位变异qHlybyld-2-2-A1、qHyb yld-3-5-A2/qHyb yld-15-5-A3、qHybyld-2-7-A1 的加性效应值分别在各自NCⅡ试验中表现最大。南农88-31、豫豆22、Forrest、冀豆17、Bedford、徐豆13、晋豆34、周豆11和冀豆12为优异的加性QTL-等位变异载体亲本。QTL-等位变异 qHyb yld-2-4-A1/A6、qHyb yld-15-1-A 1/A2 和 qHyb yld-16-1-A3/A4 的显性效应值分别在各自NCⅡ试验中表现最大。（3）优异杂交组合杂种产量相关QTL-等位变异的遗传解析分别选取3组NCⅡ试验中产量排名前5位的杂交组合,对其所含有的杂种产量相关QTL-等位变异进行统计。结果发现,超显性QTL-等位变异是大豆高产高优势杂交组合的主要遗传构成,超显性效应是大豆产量杂种优势形成的基础。（4）杂交组合亲本的改良根据大豆杂种产量相关QTL各等位变异的效应值,对本研究中大豆杂交组合的亲本提出改良策略。将当前杂交组合亲本中效应值低的QTL-等位变异改良成效应值高的等位变异,即可完成亲本的改良。由于每一个QTL均含有多个等位变异,故每一个杂交组合的亲本可能有多种改良方案。我们仅对每个QTL的等位变异改良成效应值最高等位变异的情况进行分析,并以每组NCⅡ试验中产量最高的杂交组合为例进行说明。（5）基于大豆杂种产量QTL基因型值的配合力分析本研究利用杂交组合中检测到的杂种产量相关QTL的基因型值,计算得到基于基因型的配合力。将得到的基因型配合力与杂交组合的杂种优势表现及表型配合力进行相关分析发现,基因型配合力同表型配合力显着相关,能够较好的预测大豆杂种优势。
刘丽婷[7]（2017）在《芒萁克隆种群格局形成的生态过程研究》文中提出芒萁（Dicranopteris pedata）是红壤指示植物,具有根状茎克隆和孢子克隆两种克隆方式,常在亚热带植物群落系统受干扰退化后重建过程初级阶段以优势种群出现。研究芒萁克隆扩散形成种群的生态过程对了解亚热带退化植被演替和通过干扰提升林分质效有重要意义。针对上述研究目的,通过研究芒萁的蕨类克隆植物生物学特性和在四种低质林地生态特征,分析芒萁克隆生长、种群扩散及格局形成过程及产生的生态后果,方法和结论如下:1、通过固定样地观测,分析芒萁根状茎克隆生长规律,从克隆单株尺度分析红壤区异质生境下芒萁克隆种群格局形态的机理,芒萁是浅根性、枝源性、无限生长型、单轴和合轴混合型蕨类克隆植物,通过克隆生长将分株（茎芽、叶芽）放置在不同水平空间位置从而实现强的水平拓展。在克隆生长过程中,芒萁形态整合主要特点有:以增加叶芽、茎芽构件萌芽数量,抵消芽构件高死亡率对种群扩散的不良影响;及与间隔子所处环境外因无关的单条根状茎生长的随机性长度差异,缓解环境异质性对基株的不利影响,提高适合度;芒萁克隆生长过程根状茎形态整合、生理整合等克隆生长优势综合单株格局特点,使芒萁种群在退化红壤生境中有较高环境适合度和竞争优势。2、通过对四种不同干扰类型、程度及持续时间低质林的调查,发现林下芒萁种群扩散林分具有明显环境特征:红壤、地表植被干扰破坏、地位级指数低、林分早期郁闭度低等。在桉树人工林中,芒萁种群扩散需要的条件是芒萁孢子体具备克隆生长特性时,林分郁闭度要求0.6以下,当选择瘠薄的林地进行人工林营林,或者经营管理差、种植选择的品种早期速生性差、种植密度过小等经营问题存在时,人工林分郁闭度缓慢,会给芒萁源株定植有利的光照环境,芒萁种群迅速扩散。人工林下克隆植物种群的扩散,恰恰是人工林郁闭慢,即人工林目标树种冠幅横向扩展缓慢造成。芒萁不仅是红壤立地的指示物种,芒萁克隆种群格局形成的过程,可视为红壤立地生境退化,乔木层树种冠层结构变化引起光资源均质性的生境向光资源异质性生境转变的过程。3、应用克隆分子生态学方法研究株种群尺度芒萁种群克隆结构,结合根状茎生长速率、间隔子寿命等,可析知芒萁克隆种群格局形成的生态过程。在江西泰和“马尾松-芒萁”次生林中芒萁基株种群克隆基因型分布格局研究中可知,亚热带水热条件较好地区,芒萁在林下单优种群一旦形成,种群不断克隆扩散,循环覆盖,无人为干扰这种群落结构将持续很长一段时间。4、通过对受干扰湿地松林干扰斑块和异质性冠层斑块的扩展点格局研究,发现对林分的干扰可促进或阻止芒萁种群的克隆扩散。城郊湿地松林在城市建设中受到的干扰,给芒萁种群扩散创造了条件;在针叶林中在人工林窗种植常绿阔叶树种形成的常绿阔叶树种斑块,与芒萁斑块,通过扩展点格局的分析,两者间具有显着负关联关系;在湿地松、马尾松林分中,利用人工林窗干扰,种植常绿乡土阔叶树种,是积极有效的林分干扰方式。5、转录组测序结果显示芒萁具有重金属结合蛋白基因,对稀土尾矿自然恢复的植被群落种间关联分析发现芒萁在尾矿迹地植被天然恢复前15年林下灌草层优势度最高,结合芒萁克隆生长特性对异质性红壤立地环境适应性,和芒萁与马尾松（Pinus massoniana）、湿地松（Pinus elliottii）强种间关联特性,可选用芒萁作为稀土尾矿植被修复的灌草层首选物种。论文通过探讨芒萁根状茎克隆生长特征、种群克隆扩散的条件、生态适应性机理及生态效应,同时应用克隆植物种群生态学的概念、方法,解决森林经理中林地灌草层植被管理的问题;应用扩展点格局方法和斑块模型解决森林经理中干扰技术和植被关系的问题。
张喆[8]（2016）在《以尼瓦拉野生稻为供体的单片段代换系的构建及QTLs鉴定》文中提出栽培稻在长期进化的过程中由于人为的选择导致基因的多样性大大降低,野生稻在长期的自然选择过程中保留了更为丰富的等位基因变异以及更强的生态适应能力。挖掘野生稻中潜在的有利基因并应用于栽培稻的遗传改良中,是拓宽水稻遗传基础、保障水稻稳产、高产的重要途径之一。本研究在前人工作的基础上以尼瓦拉野生稻（O.nivara）为供体亲本、以栽培稻华粳籼74为受体亲本,经过回交、自交和分子标记辅助选择,构建单片段代换系,并利用单片段代换系进行主要农艺性状的QTL鉴定。主要结果如下:1、获得了174个纯合单片段代换系,代换片段总长度为2590.7c M,相当于水稻基因组大小的1.699倍;平均每条染色体上的代换片段长度为215.8 c M,12条染色体上的代换片段长度变化幅度在0.8c M-88.0 c M。2、本试验选用65个单片段代换系对14个性状进行了QTL鉴定,在58个单片段代换系共检测出100个QTL,其中抽穗期QTL12个、有效穗数QTL4个、一次枝梗数QTL7个、穗长QTL3个、株高QTL9个、结实率QTL6个、剑叶宽QTL2个、剑叶长QTL7个、穗颈长QTL7个、穗粒重QTL9个、着粒密度QTL6个、谷粒长宽比QTL11个、粒长QTL10个、谷粒宽QTL6个。其中q Hd1-2、q Lfl-2、q Gl1-1、q Hd3-1、q Hd3-1、q Hd3-1、q Pe3-2、q Gwt3-1在早晚两个季节均有检测到,为稳定的QTL。3、本研究构建了以尼瓦拉野生稻（O.nivara）为供体来源的单片段代换系群体,并利用获得的尼瓦拉野生稻单片段代换系鉴定出一批QTL,不仅丰富了本实验室单片段代换系文库的种类和数量,而且为今后全面充分挖掘尼瓦拉野生稻的有利基因,进一步解析有利基因功能,高效应用有利基因改良栽培稻奠定了基础。
汤小天[9]（2016）在《水稻大螟种群遗传结构研究》文中研究指明大螟Sesamia inferens（Walker）是亚洲地区水稻上重要的害虫。过去的研究认为,大螟在我国的分布北限大致在北纬34°的陕西周至、河南信阳、安徽合肥和江苏淮阴一线。随着全球气候变暖,大螟的分布北限也在逐渐向北扩展,已在北纬34°以北的稻区发生危害。大螟原为一种水稻上的常发次要害虫,然而在21世纪初,大螟种群数量迅速上升,对水稻的为害逐渐加重并成为水稻的主要害虫之一。本研究采用微卫星分子标记（SSR）和线粒体DNA分子标记（COI和Cytb基因）相结合的方法对采自我国37个不同地理种群大螟的遗传结构进行系统而深入的研究,分析各个种群间的亲缘关系,探讨大螟的起源与进化。同时对所采集的大螟地理种群的Wolbachia感染率进行了分析,初步探明了各种群中的Wolbachia类群。此外,通过对感染Wolbachia大螟个体和未感染个体的线粒体DNA多样性进行分析,探讨Wolbachia是否对大螟mtDNA多样性和进化产生影响。主要研究结果如下：1、大螟遗传多态性微卫星标记的筛选本研究采用FIASCO法筛选了30个微卫星位点,并对这些位点进行了分析。结果显示,大螟两个地理种群（江苏扬州和贵州贵阳）的微卫星多态信息含量（PIC）为0.181-0.947,平均值为0.633,表明有高度的多态性。此外,这些位点的等位基因数有2-31个,期望杂合度为0.196-0.962,观测杂合度为0.043-1.000；同时,在一个种群中至少有14个位点在Bonferroni校正后没有显着偏离哈迪-温伯格平衡（P<0.01）；位点CA194 & GT106,GA13 & TG52,GA13 & TG51,CA31 & CA43,GT16 & GT206在Bonferroni校正后表现出连锁不平衡。本研究还初步分析了大螟的微卫星突变模式,发现了3种微卫星突变类型。2、基于徽卫星标记的大螟种群遗传结构研究基于微卫星标记的结果表明,中国的大螟种群具有较高的遗传多样性,9个微卫星位点平均有38.6667个等位基因；各种群间存在中等程度的遗传分化（0.05<FST<0.15）；大部分种群都偏离Hardy-Weinberg平衡,这可能是由于等位基因的杂合度不足而引起。分子方差分析（AMOVA）结果表明,中国大螟的种群遗传变异主要来自于种群内部,为总变异的85%。UPGMA聚类图显示,37个大螟地理种群聚为2支,即中国南部的地理种群聚为一支,东部、中部、西部和北部的种群聚为另一支,这种分支格局与Structure的分析结果一致；但在2个分支内,各地理种群在系统聚类树上呈现出不规则的分布格局,表明大螟各地理种群间的遗传分化与地理距离无明显的相关性。瓶颈效应分析表明,在IAM模型下,大螟的少部分地理种群在近期经历过瓶颈效应,但从总体上看,中国的整个大螟种群数量正处于平稳增加之中。3、基于线粒体基因的大螟种群遗传结构研究线粒体基因标记的结果也表明,中国的大螟种群具有较高的遗传多样性；各种群间也存在中等程度的遗传分化（0.05<FST<0.15）,其中河北唐山种群（HBTS）,四川达州种群（SCDZ）,四川成都种群（SCCD）和广西南宁（GXNN）种群间的遗传分化程度较大（FST=1.00000）。此外,用贝叶斯推断（BI）和邻接法（NJ）对本研宄所涉及的37个大螟种群进行分析,结果表明中国的大螟种群也明显地聚为2支,这与上述微卫星的分析结果完全一致。此外,空间分子变异分析（SAMOVA）的结果表明,中国37个大螟种群可细分为5个组群,即华北组群（Northern China, NC）、华中-华东组群（Central-Eastern China, CEC）、华中西部组群（Central China West, CCW）、西南组群（Southwestern China, SWC）和华南组群（Southern China, SC）。分子方差分析（AMOVA）的结果显示,大螟种群的遗传变异主要自于种群内的个体之间和组群间,少部分来自组内的种群间,这表明中国的大螟种群在不同组群之间已有明显的分化。根据2个线粒体基因的单倍型歧点分布及中性检验,表明中国的大螟群体单倍型歧点分布为双峰或多峰模型；Tajima’s D与Fu’s Fs中性检验值总体不显着,表明中国的大螟种群在过去较近的历史时期内没有经历种群扩张事件,群体大小保持相对稳定。研究还表明,大螟的分歧时间大约为93-97万年前。基于协同进化理论,最大共享单倍型的分布地,单倍型网状图的星状拓扑结构,非对称基因流的流向,近似贝叶斯法的分析以及大螟在不同时期适生度的分析均表明,大螟可能起源于中国的长江流域。4、大螟内共生菌Wolbachia的检测及其对线粒体基因的影响本研究基于Wolbachia表面蛋白基因（wsp）和细胞分裂蛋白基因（ftsZ）对大螟的Wolbachia感染情况进行了分析,结果显示仅有少数大螟个体感染了Wolbachia,感染率为8.2%,但所感染的Wolbachia却表现出较高的多样性,即有6个株系；而且感染Wolbachia的大螟种群主要分布于中国南部。此外,本研究发现并定义了2个新的Wolbachia株系,分别命名为wCam和wInf。进一步的研究表明,感染Wolbachia的大螟种群线粒体基因的核苷酸多样性指数（包括单倍型多样性[HD],核苷酸多样性[π]和变异位点的数目[S]）与未感染种群的没有显着差异,而且Wolbachia的株系和线粒体DNA单倍型的系统发育间没有相关性。分子方差分析（AMOVA）表明,大螟感染Wolbachia个体和未感染的个体间线粒体DNA的遗传差异较小。另外,中性检测结果表明感染Wolbachia的种群和未感染的种群群体大小均保持平衡（Tajima’s D和Fu’s F值不显着,P>0.05）。上述结果说明Wolbachia并没有对大螟线粒体DNA的变异和进化产生影响。此外,基于Wolbachia的wsp基因系统发育分析表明,稻田生态系统中的Wolbachia在不同昆虫间可进行水平传播。
洪欣[10]（2016）在《报春苣苔属濒危植物保护生态学研究》文中研究说明苦苣苔科Gesneriaceae植物以其丰富的属间、属内种间的形态变异成为研究植物进化、物种形成的极佳对象。自2011年我国苦苣苔科植物较大范围的修订以来,原报春苣苔属Primulina从单型属迅速扩增到了现在拥有174+种以上的大属,其分布中心集中在我国南部石灰岩岩溶地区,尤其以我国广西、贵州、广东北部、湖南南部最为集中。重新定义的报春苣苔属,呈现出了极高的物种多样性和强烈的物种分化,充分地研究这一类群的快速辐射分化对深入地理解华南喀斯特地貌的狭域分布植物的物种快速形成及演化具有极高的科研价值,进而为合理地进行保育工作奠定研究基础。本研究综合运用了经典分类学、孢粉学、比较转录组学、分子系统学并辅以3S技术进行学科交叉的研究,拟从物种和居群两个层面去理解该类植物的特殊适应机制与种间分化的进化关系;同时结合SSR分子标记技术,可以从濒危的报春苣苔属植物的不同居群遗传多样性差异的角度来揭示它们的致濒机理。因此,本研究初步从环境梯度的生态位分化揭示了报春苣苔属植物的狭域物种形成和分化机制,为揭示该组植物的起源和多样性成因奠定基础,同时,在生物多样性保护及植物资源的可持续利用等方面具有重要的实践价值和现实意义。主要结果如下:1.孢粉学研究:采用扫描电镜观察了中国华南地区报春苣苔属43种植物的花粉形态,并对其花粉形态进行了聚类分析,基于孢粉学聚类结果,并结合形态学特征以及供试物种的地理分布特征联合探讨其分类学意义。结果显示:（1）报春苣苔属43种植物花粉粒为较小到中等大小的类型,均为三沟花粉粒;花粉粒形状从圆球形到超长球形变化,长球形为主要形态;花粉粒极面观形状为圆状三角形、圆形和3裂圆形;外壁纹饰均为网状纹饰,绝大多数为宽网脊。（2）孢粉学聚类结果将43种植物划分为6个组7个类型,从孢粉学角度,认为报春苣苔属植物的花部大小和颜色是多起源进化而来的;而根据分布区域的特征,显然该属的物种形成与适应华南喀斯特特殊地貌生境的形成有密切关系。2.分子系统学研究:Wood、王文采在上世纪已经对原唇柱苣苔作过较为全面的修订。201 1年,Michael Moller、Aton Weber、王印政等利用分子系统学手段对其进行了修订。然而,他们并未解决报春苣苔属的属下等级划分与种间关系的问题。本研究通过104个报春苣苔属物种与21个下载自NCBI数据库的报春苣苔属物种的基因片段序列,同时使用11个物种从石山苣苔属Petrocodon、喜鹊苣苔属Ornithoboea和紫花苣苔属Loxostigma物种作为外类群,以核基因ITS和叶绿体基因tmL-F两个片段的数据及其联合数据进行最简约分析和贝叶斯分析,进一步结合形态学特征对报春苣苔属下种间的系统关系进行了探讨,结果表明:两个片段的数据及其联合数据结果一致;报春苣苔属下分为4大枝,其中一个为分布在海南岛的岛屿分布物种,另一个为以花序特殊的异序报春苣苔为代表的类群。此外,笔者发现该属下1 0个新种,并正式发表了池州报春苣苔Primulina chizhouensis、匍茎报春苣苔P.diffusa、银毛报春苣苔P.argentea、莫氏报春苣苔P.moi、扁花报春苣苔P.compressiflora、乐昌报春苣苔P.lechansgensi等6种。3.存疑种系统位置确认:通过形态学、细胞学、分子系统学,并结合比较转录组学的交叉联合研究,结果表明,3个现认为属于报春苣苔属的物种（多痕报春苣苔Primulina cicatricose、弯果报春苣苔P.cyrtocarap和蓝痕报春苣苔P.tamia）na应该被归并入一个原先认为特产于越南的单种属:奇柱苣苔属Deinostigma。该属目前已知在我国自然分布2种,人工栽培目前已知1种,分别为多痕奇柱苣苔Deinostigma cicatricose、弯果奇柱苣苔D.cyrtocarpa和蓝痕奇柱苣苔D.tamiana。修订后的奇柱苣苔属为中国新分布属,分布范围从越南中部到中国南部。4.报春苣苔属代表物种转录组学研究:我们对报春苣苔属6个典型代表物种进行群体转录组研究,并将靖西石山苣苔Petrocodonjingxiensis作为外类群对比。通过Illumina HiSeq 2000平台共测序获得66979379700nt数据,平均每个物种106万条净读段,GC含量平均为45%。拼接之后,总Contig344108个,总长408856477nt,平均长度1188nt;平均N50值为1197。通过NR注释,设定阈值为10-5,共得到207937个unigenes;共有85257个unigene得到COG注释,分布于25个COG的条目中。通过KEGG通路分析,共有124373条基因可归入129个代谢途径,其中包括的数量最多为“代谢途径”和“次生代谢产物生物合成”,分别有25350条与11986条;比对到蛋白库的预测编码蛋白框有203528个,预测出的预测编码蛋白框有19295个。SSR共32741个,in silico分析发现以三碱基重复为主要类型。根据9种报春苣苔属植物鉴定的690个直系同源基因的CDS序列,利用Phylip软件构建ML树;此外还使用OrthoMC1（v1.4）分别对报春苣苔属18个物种（另外1 1个物种序列来源NCBI数据库）进行基因家族构建,并将选择的309单拷贝基因连成supergene,用Bayes（v3.1）进行系统发育树的构建。并且通过18个代表物种确定了该属植物可能与物种的适应性进化相关的16个正选择基因,将有助于指导以后的报春苣苔属及其近缘物种的生态基因组学研究。此外,组装的基因注释和大量基因相关的分子标记,将有助于指导居群遗传多样性的研究。5.居群间转录组比较研究——以休宁小花苣苔Primulina xiuningensis为例:通过Illumina HiSeq 2000平台对7个休宁小花苣苔复合类群进行高通量转录组测序,平均获得436949258条原始序列,420906808条净读段,GC含量平均为46%。拼接之后,共获得总条数为1649382条,平均为235626条scaffolds,平均N50值为450。SSR标记的in silico分析发现以三碱基重复为主要类型。通过NR注释,设定阈值为10-5,共得到 153,231 个 unigenes;共有 43.83%的 All-unigene 得到 COG 注释,分布于25个COG的条目中。通过KEGG通路分析,共有96081个unigenes注释到129条通路上;其中,有个21579个unigenes注释到“代谢途径”相关的通路中;10649个unigenes注释到“次生代谢产物生物合成”相关的通路中。同时我们筛选了 184个直系同源基因并用它们通过最大似然度法构建系统发育关系,并且确定了可能的与物种的适应性进化相关的正选择基因。对休宁小花苣苔种群的群体转录组的比较分析不仅为功能基因注释奠定了基础,同时这一研究也有助于指导后续基因组RNA序列资源进一步的开发应用。6.特殊生境下的报春苣苔属物种遗传多样性研究——以文采苣苔Primulina renifolia为例:本实验利用高通量测序技术成功开发了文采苣苔引物,利用10对SSR微卫星位点对穴居小种群典型代表植物文采苣苔模式产地3个小居群24个个体的遗传多样性和遗传结构进行了研究。结果表明,在10个位点上共检测到63个等位基因,每个位点等位基因数为3-10个,平均6个。种群的平均等位基因平均数为6.3±2.16,种群的观察杂合度HO和期望杂合度HE的值分别为0.702和0.634,近交检验值FIS小于0,呈现较低的近交现象。Fst分析结果表明1种群和2种群间的遗传差异较大,其余位于中间位置的2号居群与其他种群间的遗传差异较小;而基于微卫星数据的遗传分化系数（Fst）为0.0413,说明该种群的遗传变异主要存在于种群内,种群内的遗传变异占76%,同时AMOVA分析的结果支持这样的结果;PCoA和Structure分析结果表明:文采苣苔仅可被分为一个遗传聚类。瓶颈效应的检测结果表明文采苣苔居群近期没有经历了瓶颈效应,Mode-shift检测显示所有种群的等位基因均显示‘L-形’频率分布。7.报春苣苔属植物的生态适宜性空间分布与未来预测研究:通过对报春苣苔属上述研究初步结论及报春苣苔属植物特殊而又具体的其生长要求条件和环境因子现状,具体选取了 13个生态环境因子的三个变量集合,即地形因子、气候因子和土地覆盖因子数据,用于构建报春苣苔属生境适宜性评价指标体系。在此基础上,进一步应用最大熵模型计算了各个生态因子对报春苣苔属植物的生境适应性权重,最后结合GIS和叠乘模型求得我国报春苣苔属植物生境适宜性的空间分布格局。目前全球变暖的趋势直接导致了我国南方水热条件急剧变迁,本研究基于这一环境变化的大趋势,在此基础上推断并预测了未来一百年报春苣苔属适宜生境的变迁情况;亦据此,提出了报春苣苔属植物迁地保育的具体建议。
二、用微卫星标记验证水稻4N×2N早世代群体的稳定性（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、用微卫星标记验证水稻4N×2N早世代群体的稳定性（论文提纲范文）
（1）真菌胁迫响应TaNAC基因和小麦杂种衰亡分子机理研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 主要缩略词 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 小麦条锈病与白粉病 |
| 1.1.1 小麦抗条锈病基因和抗白粉病基因的研究 |
| 1.1.2 小麦抗条锈病和白粉病的其他研究 |
| 1.2 植物NAC转录因子 |
| 1.2.1 植物NAC转录因子简介 |
| 1.2.2 植物激素参与的NAC转录因子调控 |
| 1.2.3 NAC转录因子的调控作用 |
| 1.2.4 小麦NAC转录因子(TaNAC)的研究现状 |
| 1.3 植物中的杂种衰亡 |
| 1.3.1 植物中杂种衰亡的简介 |
| 1.3.2 杂种衰亡的可能原因和调控机制 |
| 1.3.3 远缘杂交与基因互作 |
| 1.3.4 小麦中的杂种衰亡 |
| 1.4 分子标记开发及多组学研究方法 |
| 1.4.1 分子标记技术的发展与分子标记开发 |
| 1.4.2 多组学研究方法 |
| 1.5 研究方案 |
| 1.5.1 选题目的及意义 |
| 1.5.2 研究内容和方案 |
| 1.5.3 技术路线 |
| 第二章 TaNAC TFs参与调节小麦对白粉病和条锈病的抗性 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 植物材料和处理 |
| 2.2.2 RNA提取与基因克隆 |
| 2.2.3 筛选真菌胁迫响应相关的TaNAC基因 |
| 2.2.4 实时荧光定量PCR分析 |
| 2.2.5 普通小麦NAC转录因子基因家族重鉴定和序列分析 |
| 2.2.6 TaNAC转录因子的系统进化及蛋白序列特征分析 |
| 2.2.7 基因及其编码产物的序列结构、理化性质等生物信息学分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 基于IWGSC Ref Seq v1.1 对小麦NAC转录因子基因家族重鉴定 |
| 2.3.2 基于转录组数据筛选并分析真菌胁迫响应的TaNAC基因 |
| 2.3.3 从真菌胁迫后的N9134 中克隆TaNAC基因并重命名新转录本 |
| 2.3.4 获得的TaNAC转录本及其编码产物的序列结构、理化性质等分析 |
| 2.3.5 白粉菌和条锈菌侵染下小麦TaNAC基因的表达分析 |
| 2.3.6 真菌胁迫下N9134中TaNAC转录本的结构变体 |
| 2.3.7 真菌胁迫下差异表达TaNAC转录因子的结构特征分析 |
| 2.3.8 TaNAC膜结合转录因子(Membrane-bound TFs,MTFs)的比较分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 时空特异表达和可变剪切表明:TaNAC转录本可进一步丰富和完善 |
| 2.4.2 小规模复制或删除事件有助于丰富TaNAC基因及其转录本序列结构变异的多样性 |
| 2.4.3 膜结合TaNAC通过形成不同结构变体的调控方式发挥不同的功能 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 TaNAC基因基于可变剪切和miRNA的转录后调控参与真菌胁迫响应 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 试验材料和处理 |
| 3.2.2 RNA提取与基因克隆 |
| 3.2.3 实时荧光定量PCR分析TaNAC结构变异转录本差异表达 |
| 3.2.4 洋葱表皮细胞瞬时表达分析亚细胞定位 |
| 3.2.5 转录调控活性分析 |
| 3.2.6 生物信息学分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 一对TaNAC可变剪切结构变异转录本在白粉菌胁迫下的表达分析 |
| 3.3.2 克隆得到TaNAC可变剪切转录本的序列结构分析 |
| 3.3.3 TaNAC结构变异转录本编码产物的结构特征和理化性质分析 |
| 3.3.4 TaNAC可变剪切结构变异转录本编码产物的高级结构分析 |
| 3.3.5 比对分析TaNAC结构变异转录本的亚细胞定位 |
| 3.3.6 比较分析TaNAC结构变异转录本的转录调控活性 |
| 3.3.7 结合于小麦TaNAC基因编码区的mi RNA的预测分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 TaNAC基因可以通过可变剪切的转录后调控方式参与胁迫响应 |
| 3.4.2 TaNAC基因可变剪切和mi RNA耦联的转录后调控 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 小麦杂种衰亡调控基因的精细定位及其在我国的分布与演化 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 植物材料 |
| 4.2.2 等位性测验 |
| 4.2.3 表型调查和数据分析 |
| 4.2.4 取样和提取基因组DNA |
| 4.2.5 分子标记的筛选和开发 |
| 4.2.6 绘制遗传图谱 |
| 4.2.7 杂种衰亡相关小麦材料的系谱分析和基因型检测 |
| 4.2.8 荧光原位杂交(FISH) |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 分析验证本研究冬小麦群体中存在的杂种衰亡 |
| 4.3.2 中度和重度杂种衰亡系统中也存在Ne基因的剂量效应 |
| 4.3.3 杂种衰亡调控基因Ne1 和Ne2 的复等位基因确实分别存在不同 |
| 4.3.4 构建冬小麦杂种衰亡调控基因Ne1 和Ne2 的高密度遗传图谱 |
| 4.3.5 杂种衰亡调控基因Ne1 和Ne2 在中国各麦区离散的分布特征 |
| 4.3.6 N9134 和周麦22 中杂种衰亡调控基因Ne1 和Ne2 的来源 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 F_1 与亲本的千粒重百分比更适合为杂种衰亡分级标准之一 |
| 4.4.2 遗传背景应该是杂种衰亡表型差异的另一个影响因素 |
| 4.4.3 普通小麦的Ne1 和Ne2 可能分别直接源于野生二粒小麦和黑麦 |
| 4.4.4 N9134 的Ne1 和周麦22 的Ne2 可能是杂种衰亡调控新基因 |
| 4.4.5 引进品种直接影响中国现代品种杂种衰亡基因频率(尤其Ne2) |
| 4.4.6 导致杂种衰亡的基因位点也可以对小麦育种起积极作用 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 小麦杂种衰亡调控机制的多组学分析 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 多组学分析的植物材料 |
| 5.2.2 基于BSA的转录组测序(BSR) |
| 5.2.3 基于PacBio三代平台的全长转录组测序 |
| 5.2.4 iTRAQ定量蛋白质组测序 |
| 5.2.5 广泛靶向代谢组分析 |
| 5.2.6 多组学联合分析 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 小麦杂种衰亡的BSR分析 |
| 5.3.2 小麦杂种衰亡的全长转录组分析 |
| 5.3.3 小麦杂种衰亡的定量蛋白质组学分析 |
| 5.3.4 小麦杂种衰亡的代谢组学分析 |
| 5.3.5 基于转录组、蛋白质组和代谢组的多组学联合分析 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 各组学分析结果及多组学联合分析结果的问题与不足 |
| 5.4.2 小麦中杂种衰亡、真菌病害抗性、TaNAC转录因子三者的关系 |
| 5.5 小结 |
| 第六章 全文总结 |
| 6.1 主要结论 |
| 6.2 主要创新点 |
| 6.3 研究展望 |
| 参考文献 |
| 附录A 附文 |
| 附录B 附表 |
| 附录C 附图 |
| 致谢 |
| 博士毕业有感 |
| 作者简介 |
（2）深县猪不同世代间遗传变异的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 英文缩写词 |
| 1 引言 |
| 1.1 地方猪遗传资源状况 |
| 1.2 家畜遗传资源与遗传多样性 |
| 1.3 遗传多样性的分析方法 |
| 1.4 影响群体遗传多样性效果的因素 |
| 1.5 保种与遗传多样性的监测 |
| 1.6 本研究的内容与意义 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 试验动物 |
| 2.1.2 试验试剂及仪器设备 |
| 2.2 试验方法与步骤 |
| 2.2.1 耳组织DNA的提取 |
| 2.2.2 微卫星位点的选择 |
| 2.2.3 PCR的扩增 |
| 2.2.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳试剂的制备 |
| 2.2.5 非变性聚丙烯凝胶电泳 |
| 2.2.6 mtDNA基因引物的设计、PCR扩增及测序 |
| 2.3 遗传多样性指标的计算 |
| 2.3.1 观察等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ne) |
| 2.3.2 杂合度(Heterozygosity,H) |
| 2.3.3 多态信息含量(Polymorphism Information Content,PIC) |
| 2.3.4 F-统计量(F-statistics) |
| 2.3.5 单倍型(H)和单倍型多样性(Hd) |
| 2.3.6 核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(K) |
| 2.3.7 Tajima中性检验 |
| 2.3.8 CytB基因序列分子系统发育树的构建 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 深县猪27 个微卫星位点遗传多样性分析 |
| 3.1.1 深县猪27 个微卫星位点等位基因频率 |
| 3.1.2 4个世代的等位基因数和有效等位基因数 |
| 3.1.3 4个世代的杂合度、多态信息含量 |
| 3.1.4 4个世代的遗传变异 |
| 3.2 深县猪mtDNA基因遗传多样性 |
| 3.2.1 深县猪mtDNA基因目的片段的扩增 |
| 3.2.2 PCR产物测序结果 |
| 3.2.3 基于mtDNA CytB基因遗传多样性分析 |
| 3.2.4 基于mtDNA COI基因遗传多样性分析 |
| 3.2.5 基于mtDNA ND1 基因遗传多样性分析 |
| 3.2.6 基于mtDNA ND2 基因遗传多样性分析 |
| 3.2.7 基于mtDNA ND5 基因遗传多样性分析 |
| 3.2.8 深县猪mtDNA5 个基因不同世代遗传多样性 |
| 3.2.9 基于CytB基因全序列的系统进化树 |
| 4 讨论 |
| 4.1 深县猪采集样品的代表性 |
| 4.2 基于微卫星位点深县猪群体遗传多样性变化 |
| 4.3 基于mtDNA基因深县猪群体遗传多样性变化 |
| 4.4 mtDNA CytB基因的系统发育 |
| 4.5 两种不同分子标记间的对比 |
| 4.6 深县猪保种工作的建议 |
| 4.7 本研究的局限性与有待进一步研究的问题 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附件 各微卫星位点聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱 |
| 在读期间发表的学术论文 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
（3）中华绒螯蟹色泽遗传参数评估及色泽形成机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 第一章 甲壳动物色泽遗传及分子机制研究进展 |
| 第一节 甲壳动物色泽研究进展 |
| 1 色泽形成 |
| 2 色泽功能 |
| 3 色泽遗传选育 |
| 4 色泽与类胡萝卜素关系 |
| 第二节 甲壳动物类胡萝卜素研究进展 |
| 1 类胡萝卜素功能 |
| 2 类胡萝卜素存在形式 |
| 3 类胡萝卜素之间的转化 |
| 第三节 类胡萝卜素结合蛋白—虾青蛋白 |
| 第四节 本论文研究内容和意义 |
| 第二章 中华绒螯蟹色泽和类胡萝卜素遗传参数评估及相关性分析 |
| 第一节 中华绒螯蟹主要组织色泽遗传参数评估 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第二节 中华绒螯蟹色泽和类胡萝卜素的相关性 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第三节 中华绒螯蟹雌体类胡萝卜素遗传参数评估 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第三章 不同壳色中华绒螯蟹类胡萝卜素、生殖性能和子一代养殖性能的比较 |
| 第一节 不同壳色中华绒螯蟹亲本色泽与类胡萝卜素的比较 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第二节 不同壳色中华绒螯蟹生殖性能和胚胎质量的比较 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第三节 不同壳色中华绒螯蟹子一代养殖性能的比较 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第四章 中华绒螯蟹虾青蛋白基因克隆和表达分析 |
| 第一节 中华绒螯蟹虾青蛋白克隆及序列分析 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第二节 中华绒螯蟹虾青蛋白表达分析 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 附录 第五章 长江水系野生和养殖中华绒螯蟹生殖性能及遗传多样性分析 |
| 第一节 长江水系野生和养殖中华绒螯蟹生殖性能、胚胎色泽和生化组成的比较 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第二节 长江水系野生和养殖中华绒螯蟹G3遗传多样性分析 |
| 1 材料与方法 |
| 3 结果 |
| 3 讨论 |
| 小结 |
| 1 本文的主要结论 |
| 2 本研究的创新点 |
| 3 本研究的不足以及展望 |
| 参考文献 |
| 博士期间发表论文 |
| 致谢 |
（4）陆地棉产量和纤维品质性状的杂种优势QTL定位与遗传基础研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 第一部分 文献综述 |
| 1.1 杂种优势遗传基础研究及其假说 |
| 1.2 杂种优势机理研究与分子数量遗传学 |
| 1.2.1 分子标记(Molecular marker)技术 |
| 1.2.2 分子标记的类型及特点 |
| 1.2.2.1 基于杂交技术的分子标记 |
| 1.2.2.2 基于PCR技术的分子标记 |
| 1.2.2.3 基于测序技术的分子标记 |
| 1.2.2.4 基于芯片技术的分子标记 |
| 1.2.3 作图群体类型 |
| 1.2.3.1 初级作图群体 |
| 1.2.3.2 次级作图群体 |
| 1.2.4 棉花遗传图谱研究进展 |
| 1.2.5 QTL定位与杂种优势 |
| 1.2.5.1 QTL定位研究方法 |
| 1.2.5.2 棉花产量和纤维品质QTL定位研究进展 |
| 1.2.5.3 利用BCF_1和IF_2群体研究杂种优势QTL |
| 1.3 棉花杂种优势机理研究进展 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 第二部分 研究报告 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.1.1 遗传图谱构建材料 |
| 2.1.1.2 杂种优势QTL定位及遗传分析材料 |
| 2.1.2 田间种植和表型测定 |
| 2.1.3 SNP图谱构建 |
| 2.1.3.1 基因组DNA提取 |
| 2.1.3.2 SNP芯片杂交 |
| 2.1.3.3 SNP基因分型 |
| 2.1.3.4 遗传图谱构建 |
| 2.1.3.5 偏分离标记检测 |
| 2.1.3.6 共线性分析 |
| 2.1.4 数据分析 |
| 2.1.4.1 表型数据分析 |
| 2.1.4.2 QTL定位及效应分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 遗传图谱构建 |
| 2.2.1.1 图谱构建 |
| 2.2.1.2 偏分离位点 |
| 2.2.1.3 共线性分析 |
| 2.2.2 陆地棉产量和纤维品质性状的杂种优势表现 |
| 2.2.2.1 产量和产量构成因子 |
| 2.2.2.2 纤维品质性状 |
| 2.2.3 陆地棉产量和纤维品质的遗传率分析 |
| 2.2.3.1 产量和产量构成因子性状 |
| 2.2.3.2 纤维品质性状 |
| 2.2.4 陆地棉产量和纤维品质性状相关性分析 |
| 2.2.4.1 产量性状间的相关性 |
| 2.2.4.2 纤维品质性状间的相关性 |
| 2.2.4.3 产量性状与纤维品质性状间的相关性 |
| 2.2.5 单位点QTL定位 |
| 2.2.5.1 产量性状单位点QTL定位 |
| 2.2.5.2 产量性状杂种优势单位点QTL定位 |
| 2.2.5.3 产量性状QTL效应分析 |
| 2.2.5.4 纤维品质性状单位点QTL定位 |
| 2.2.5.5 纤维品质性状杂种优势单位点QTL定位 |
| 2.2.5.6 纤维品质性状QTL效应分析 |
| 2.2.6 m-QTL定位及其环境互作分析 |
| 2.2.6.1 产量性状m-QTL定位及其环境互作分析 |
| 2.2.6.2 产量性状杂种优势m-QTL定位及其环境互作分析 |
| 2.2.6.3 纤维品质性状m-QTL定位及其环境互作分析 |
| 2.2.6.4 纤维品质性状杂种优势m-QTL定位及其环境互作分析 |
| 2.2.7 e-QTL定位及其环境互作分析 |
| 2.2.7.1 产量性状e-QTL定位及其环境互作分析 |
| 2.2.7.2 产量性状杂种优势e-QTL定位及其环境互作分析 |
| 2.2.7.3 纤维品质性状e-QTL定位及其环境互作分析 |
| 2.2.7.4 纤维品质性状杂种优势e-QTL定位及其环境互作分析 |
| 2.2.8 单位点QTL和m-QTL的一致性分析 |
| 2.2.8.1 产量性状单位点QTL和m-QTL的一致性分析 |
| 2.2.8.2 纤维品质性状单位点QTL和m-QTL一致性分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 关于陆地棉SNP遗传图谱 |
| 2.3.2 RIL、IF_2和BCF_1群体在杂种优势研究中的应用 |
| 2.3.3 产量和纤维品质性状加性QTLs的一致性和可靠性分析 |
| 2.3.4 产量和纤维品质性状杂种优势位点的特征 |
| 2.3.5 产量和纤维品质性状近交衰退和杂种优势遗传基础 |
| 2.3.6 标记辅助育种的应用对培育高产优质陆地棉的影响 |
| 2.4 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
（5）甘薯高密度SSR分子连锁图谱的构建及干物质含量相关QTL的定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩写词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 作物分子遗传连锁图谱的构建 |
| 1.2.1 作物分子遗传连锁图谱构建的方法 |
| 1.2.2 作图群体的构建 |
| 1.2.3 遗传标记的选择 |
| 1.2.4 数据记录与分析 |
| 1.2.5 不同作图群体之间遗传连锁图谱的整合 |
| 1.2.6 作物分子遗传连锁图谱的应用 |
| 1.2.7 甘薯分子遗传连锁图谱的研究进展 |
| 1.3 QTL定位 |
| 1.3.1 QTL定位的原理 |
| 1.3.2 QTL定位的方法 |
| 1.3.3 QTL定位常用分析软件 |
| 1.3.4 QTL定位的应用 |
| 1.3.5 甘薯QTL定位研究进展 |
| 1.4 遗传多样性研究与指纹图谱构建 |
| 1.4.1 遗传多样性研究 |
| 1.4.2 DNA指纹图谱 |
| 1.5 本研究的目的及意义 |
| 第二章 甘薯SSR多态性引物的开发与筛选 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 甘薯SSR引物的获得 |
| 2.1.2 甘薯SSR引物的筛选 |
| 2.1.3 甘薯基因组DNA的提取与检测 |
| 2.1.4 甘薯SSR的PCR反应体系及程序 |
| 2.1.5 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 2.1.6 甘薯SSR多态性引物的评估与鉴定 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 甘薯SSR引物的获得及特征分析 |
| 2.2.2 甘薯基因组DNA的浓度和质量检测 |
| 2.2.3 甘薯SSR多态性引物的筛选 |
| 2.2.4 甘薯SSR多态性引物的评估与鉴定 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 甘薯SSR位点的分布特征 |
| 2.3.2 所开发甘薯SSR引物的多态性 |
| 2.3.3 所开发的甘薯基因组SSR和BES-SSR的应用价值 |
| 第三章 甘薯新品种指纹图谱的构建 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 甘薯基因组DNA的提取与检测 |
| 3.1.3 主要仪器设备 |
| 3.1.4 甘薯SSR引物 |
| 3.1.5 甘薯SSR的PCR反应体系及程序 |
| 3.1.6 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 3.1.7 毛细管电泳 |
| 3.1.8 甘薯SSR指纹图谱的构建 |
| 3.1.9 甘薯SSR遗传多样性分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 变性聚丙烯酰胺法SSR指纹图谱的构建 |
| 3.2.2 毛细管电泳法SSR指纹图谱的构建 |
| 3.2.3 甘薯品种的遗传多样性分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 甘薯指纹图谱的构建 |
| 3.3.2 甘薯品种遗传多样性分析 |
| 第四章 甘薯高密度SSR分子连锁图谱的构建 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 甘薯基因组DNA的提取与检测 |
| 4.1.3 甘薯SSR的PCR扩增及电泳检测 |
| 4.1.4 甘薯SSR多态性分子标记的整理与分析 |
| 4.1.5 甘薯SSR连锁图谱的构建 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 甘薯多态性SSR引物的群体检验 |
| 4.2.2 多态性SSR标记数据分析 |
| 4.2.3 甘薯倍型分析 |
| 4.2.4 甘薯高密度遗传连锁图谱的构建 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 甘薯基因组DNA的提取 |
| 4.3.2 甘薯作图群体的选择 |
| 4.3.3 甘薯多态性SSR标记的开发 |
| 4.3.4 分子标记的偏分离 |
| 4.3.5 甘薯遗传图谱的构建 |
| 第五章 甘薯干物质含量QTL定位 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.2 田间实验设计 |
| 5.1.3 甘薯干物质含量的测定 |
| 5.1.4 甘薯干物质含量的表型分析及QTL定位 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 干物质含量的表型分析 |
| 5.2.2 干物质含量的QTL分析 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 数量性状的超亲分离 |
| 5.3.2 甘薯干物质含量的QTL定位 |
| 5.3.3 甘薯干物质含量QTL与分子标记辅助育种 |
| 第六章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（6）大豆新雄性不育细胞质的发掘，核不育基因的定位和产量杂种优势的QTL-等位变异解析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词及英汉对照 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 杂种优势在农作物中的利用现状 |
| 2 雄性不育与农作物杂种优势的利用 |
| 2.1 质核互作雄性不育与农作物杂种优势的利用 |
| 2.2 大豆质核互作雄性不育与杂种优势的利用 |
| 2.3 细胞核雄性不育与农作物杂种优势的利用 |
| 2.4 大豆细胞核不育研究进展 |
| 3 作物杂种优势的遗传基础、解析方法及设计育种 |
| 3.1 杂种优势的遗传假说 |
| 3.2 杂种优势的分子遗传学基础 |
| 3.3 杂种优势的研究方法 |
| 3.4 农作物的设计育种 |
| 3.5 大豆杂种优势的研究现状和有待克服的主要瓶颈 |
| 4 本研究的目的和内容 |
| 第二章 大豆新质核互作雄性不育细胞质的发掘及不育系NJCMS4A的选育 |
| 研究目的 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 质核互作雄性不育系NJCMS4A的选育程序 |
| 1.3 雄性育性检测 |
| 1.4 线粒体DNA的提取 |
| 1.5 mtSSR和ORF标记的筛选及引物设计 |
| 1.6 mtSSR及差异ORF引物扩增 |
| 1.7 线粒体基因组的比较 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 质核互作雄性不育细胞质源N23661的发现及转育 |
| 2.2 NJCMS4A细胞质同已有不育细胞质的比较 |
| 3 讨论 |
| 3.1 发掘大豆新不育细胞质的策略 |
| 3.2 大豆不同雄性不育细胞质的鉴别方法及本研究的不足之处 |
| 3.3 大豆质核互作雄性不育系和杂种F1的育性稳定性 |
| 第三章 大豆新细胞核雄性不育突变体NJS-13H的发现及不育基因位点MS_(NJ)的定位 |
| 研究目的 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 材料来源及田间种植 |
| 1.2 植株育性调查及取样 |
| 1.3 花粉扫描和透射电子显微镜观察 |
| 1.4 DNA、RNA样品制备、提取及cDNA第一条链的合成 |
| 1.5 SSR标记、基因扩增及qRT-PCR分析 |
| 1.6 不育基因定位群体及分子连锁图的构建 |
| 1.7 引物合成及电泳 |
| 1.8 目标区域候选基因的功能预测及系统进化分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 大豆雄性不育突变体NJS-13H的材料特性和育性遗传分析 |
| 2.2 大豆细胞核雄性不育基因位点ms_(NJ)的定位 |
| 2.3 NJS-13H雄性不育候选基因分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 大豆雄性育性基因表达分析中研究对象的选择 |
| 3.2 近着丝粒区对NJS-13H不育基因位点ms_(NJ)定位的影响 |
| 3.3 不育基因位点ms_(NJ)为一新的大豆细胞核雄性不育雌性可育基因位点 |
| 3.4 NJS-13H在大豆育种中的利用前景 |
| 第四章 黄淮地区东南片大豆产量杂种优势的QTL遗传解析与改良 |
| 研究目的 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 供试材料及田间试验设计 |
| 1.2 性状测定 |
| 1.3 表型统计分析 |
| 1.4 基因型鉴定 |
| 1.5 NCⅡ试验杂交组合杂种产量相关位点的检测及效应估计 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 淮安点第1组NCⅡ试验中大豆杂交组合的产量杂种优势和QTL遗传解析 |
| 2.2 淮安点第2组NCⅡ试验中大豆杂交组合的产量杂种优势和QTL遗传解析 |
| 2.3 临沂点NCⅡ试验中大豆杂交组合的产量杂种优势和QTL遗传解析 |
| 2.4 基于大豆F_1杂种产量QTL基因型值的配合力分析 |
| 2.5 大豆F_1杂种产量相关QTL |
| 2.6 大豆杂种产量相关位点的候选基因分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 黄淮地区东南片大豆杂种优势表现 |
| 3.2 大豆产量杂种优势的遗传基础 |
| 3.3 大豆杂种亲本改良过程中优异位点及等位变异的分子标记辅助选择 |
| 第五章 全文结论与创新点 |
| 1 全文结论 |
| 1.1 大豆新雄性不育细胞质的发掘及新质核互作雄性不育系NJCMS4A的选育 |
| 1.2 大豆隐性细胞核雄性不育基因msNJ的定位及候选基因分析 |
| 1.3 筛选出一批优异亲本及杂交组合 |
| 1.4 大豆杂种产量相关QTL及其等位变异的效应解析 |
| 1.5 优异杂交组合产量杂种优势的QTL遗传解析 |
| 1.6 基于大豆F_1杂种产量QTL基因型值的配合力分析 |
| 2 全文主要创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
（7）芒萁克隆种群格局形成的生态过程研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 绪论 |
| 1.1. 引言 |
| 1.2. 克隆植物种群生态学研究概述 |
| 1.2.1. 概念与理论研究现状 |
| 1.2.2. 克隆植物种群格局形成 |
| 1.2.3. 克隆植物种群生态学研究重点 |
| 1.2.4. 林学中克隆植物种群生态研究方向 |
| 1.3. 根状茎克隆种群生态研究现状 |
| 1.3.1. 根状茎克隆特点 |
| 1.3.2. 根状茎的形态适应性 |
| 1.3.3. 根状茎生态适应策略 |
| 1.4. 克隆性蕨类植物种群生态研究现状 |
| 1.4.1. 克隆蕨类种群生态理论研究 |
| 1.4.2. 蕨类克隆构件格局形成与生态功能 |
| 1.4.3. 蕨类克隆植物环境适合度 |
| 1.5. 芒萁生理特性研究现状 |
| 1.5.1. 芒萁生长特点 |
| 1.5.2. 芒萁生物量与营养循环 |
| 1.5.3. 光合作用与化感效应 |
| 1.5.4. 重金属富集功能 |
| 1.5.5. 芒萁生态功能的争论 |
| 1.5.6. 退化红壤植被恢复中芒萁生态位 |
| 第2章 研究内容与技术路线 |
| 2.1. 研究科学问题 |
| 2.1.1. 问题提出 |
| 2.1.2. 解决思路 |
| 2.2. 研究背景与内容 |
| 2.2.1. 单株尺度: 根状茎克隆生长规律及格局 |
| 2.2.2. 基株尺度: 种群相同基因型单株格局 |
| 2.2.3. 群落尺度: 芒萁种群斑块与干扰、植被斑块间关联 |
| 2.2.4. 环境因素: 林分郁闭度与土壤条件 |
| 2.2.5. 林分影响: 对人工林目标树种生产力影响 |
| 2.2.6. 应用研究:稀土尾矿植被群落芒萁重要值与种间关联 |
| 2.3. 样地与技术路线 |
| 第3章 数据调查与分析方法 |
| 3.1. 研究区概况 |
| 3.1.1. 赣中湿地松人工林试验地 |
| 3.1.2. 赣南马尾松次生林试验地 |
| 3.1.3. 广东雷州地区桉树林人工林试验地 |
| 3.1.4. 赣南县稀土尾矿试验地 |
| 3.2. 固定样地观测根状茎拓展过程与格局 |
| 3.2.1. 固定样地设置与观测 |
| 3.2.2. 完整单株根状茎挖掘与制图 |
| 3.2.3. 观测数据分析 |
| 3.3. 克隆分子生态学方法研究基株扩散距离 |
| 3.3.1. 芒萁转录组测序与转录组特性分析 |
| 3.3.2. 转录组序列微卫星特征及EST-SSR标记开发 |
| 3.3.3. 小尺度空间芒萁种群克隆多样性 |
| 3.4. 扩展点格局方法研究芒萁斑块与其他斑块关联 |
| 3.4.1. 植被和干扰的斑块化 |
| 3.4.2. 调查取样 |
| 3.4.3. 布局图绘制 |
| 3.4.4. 扩展点格局分析方法应用与改进 |
| 3.4.5. Programita软件的应用 |
| 3.5. 空间替代时间对比林分研究芒萁扩散环境条件 |
| 3.5.1. 样地调查 |
| 3.5.2. 利用同龄人工林冠幅计算林分郁闭度 |
| 3.5.3. 土种类型与土壤肥力 |
| 3.6. 对比分析种群扩散对桉树生长影响 |
| 3.6.1. 样地设置 |
| 3.6.2. 植物调查 |
| 3.6.3. 数据分析 |
| 3.7. 空间替代时间研究尾矿芒萁群落种间关系 |
| 3.7.1. 植被调查 |
| 3.7.2. 数据处理 |
| 第4章 研究结果 |
| 4.1. 单株根状茎生长规律与格局 |
| 4.1.1. 芒萁单株根状茎形态 |
| 4.1.2. 根状茎的水平空间格局特点 |
| 4.1.3. 根状茎拓展及萌芽的季节规律 |
| 4.1.4. 根状茎总长及芽总数变化数量动态 |
| 4.1.5. 分生组织(茎芽、叶芽)数量变化规律 |
| 4.1.6. 茎芽构件密度 |
| 4.2. 芒萁转录组测序结果及基株种群扩散格局 |
| 4.2.1. 芒萁转录组测序与转录组特性 |
| 4.2.2. 芒萁转录组序列微卫星特征及EST-SSR标记开发 |
| 4.2.3. 基于EST-SSR标记的芒萁克隆多样性 |
| 4.3. 芒萁斑块与异质性冠层斑块和干扰斑块关联 |
| 4.3.1. 点格局分析函数选择和参数确定 |
| 4.3.2. 过熟湿地松林受干扰下芒萁种群格局特点 |
| 4.3.3. 芒萁斑块与异质性冠层斑块的关联关系 |
| 4.3.4. 芒萁斑块与干扰斑块的关联关系 |
| 4.4. 人工林芒萁种群扩散条件 |
| 4.4.1. 芒萁扩散与林分郁闭度差异 |
| 4.4.2. 芒萁种群分布桉树人工林立地土种类型 |
| 4.4.3. 芒萁种群分布桉树人工林立地养分范围 |
| 4.5. 芒萁扩散对桉树人工林经营的影响 |
| 4.5.1. 调查样地环境特征 |
| 4.5.2. 芒萁扩散对桉树单株材积影响 |
| 4.5.3. 芒萁种群扩散对林下灌草层群落结构影响 |
| 4.5.4. 桉树林下芒萁优势种群数量特征 |
| 4.6. 稀土尾矿芒萁群落生态特征 |
| 4.6.1. 自然恢复植物群落物种组成 |
| 4.6.2. 种群间的总体联结性 |
| 4.6.3. 主要物种对间的关联性 |
| 4.6.4. 成对物种的关联测度 |
| 第5章 分析与讨论 |
| 5.1. 根状茎克隆生长特点跟异质性生境适应性分析 |
| 5.1.1. 游击型克隆构型的单株平面格局 |
| 5.1.2. 芒萁单株觅食行为 |
| 5.1.3. 芒萁种群形态可塑性 |
| 5.1.4. 资源分配的时空特性 |
| 5.1.5. 构件分生特点和克隆特征 |
| 5.1.6. 构件寿命与根状茎拓展长度、面积 |
| 5.2. 分子克隆生态学的基株格局分析 |
| 5.2.1. 蕨类植物芒萁转录组测序与转录组特性分析 |
| 5.2.2. 芒萁转录组序列微卫星特征及EST-SSR标记开发 |
| 5.2.3. 基于EST-SSR标记的小尺度空间芒萁克隆多样性 |
| 5.2.4. 芒萁种群克隆扩散的时间与距离 |
| 5.3. 受干扰林分芒萁群落与环境关系分析 |
| 5.3.1. 植被及干扰斑块化与点格局分析 |
| 5.3.2. 克隆植物种群与点格局分析条件 |
| 5.3.3. 斑块关联分析与芒萁种群格局形成 |
| 5.3.4. 林分低质化趋势与芒萁种群扩散 |
| 5.3.5. 芒萁克隆种群源株复杂的定植过程 |
| 5.4. 桉树人工林芒萁种群扩散的条件分析 |
| 5.4.1. 桉树人工林芒萁种群扩散光照和土壤条件 |
| 5.4.2. 芒萁扩散对桉树人工林的影响 |
| 5.5. 芒萁种群扩散在稀土尾矿植被修复应用分析 |
| 5.5.1. 群落种间关联动态 |
| 5.5.2. 人工促进植被恢复物种筛选 |
| 5.5.3. 芒萁尾矿逆境生境的适应 |
| 5.6. 讨论 |
| 5.6.1. 芒萁克隆种群格局形成过程 |
| 5.6.2. 桉树林“林下不长草”生态现象 |
| 5.6.3. 芒萁种群在受损生态系统修复过程中的积极作用 |
| 5.6.4. 芒萁物种特性讨论 |
| 第6章 结论与展望 |
| 6.1. 结论总结 |
| 6.2. 论文创新点 |
| 6.3. 展望 |
| 6.3.1. 克隆植物与林下植被管理 |
| 6.3.2 克隆植物与红壤区低效林质量提升 |
| 6.3.3. 克隆植物与雷州半岛生态修复工程 |
| 6.3.4. 芒萁与稀土尾矿植被修复 |
| 附表（图） |
| 参考文献 |
| 个人简介 |
| 导师简介 |
| 获得成果目录 |
| 致谢 |
（8）以尼瓦拉野生稻为供体的单片段代换系的构建及QTLs鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.2 AA组野生稻 |
| 1.3 尼瓦拉野生稻(O.nivara)的主要优良性状 |
| 1.4 野生稻为供体的染色体片段代换系的构建 |
| 1.5 本研究的目的和意义 |
| 2 尼瓦拉野生稻(O.nivara)单片段代换系的构建 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 材料 |
| 2.2.2 供体与受体亲本多态性标记 |
| 2.2.3 单片段代换系的构建方案 |
| 2.2.4 主要试剂及仪器设备 |
| 2.2.5 DNA的提取 |
| 2.2.6 PCR扩增 |
| 2.2.7 电泳 |
| 2.2.8 银染和结果记录 |
| 2.2.9 作图软件 |
| 2.2.10 代换片段长度的计算 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 供试材料的片段追踪和背景检测 |
| 2.3.2 单片段代换系在染色体上的覆盖情况 |
| 2.3.3 单片段代换系代换片段长度分布 |
| 2.4 小结 |
| 3 单片段代换系主要性状QTLs鉴定 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料和方法 |
| 3.2.1 材料 |
| 3.2.2 田间实验方法 |
| 3.2.3 性状调查方法 |
| 3.2.4 QTL的鉴定方法 |
| 3.2.5 QTL定位及遗传效应计算 |
| 3.2.6 QTL的命名方法 |
| 3.2.7 数据处理 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 抽穗期QTL的位置和效应 |
| 3.3.2 有效穗数QTL位置和效应 |
| 3.3.3 一次枝梗数的QTL位置和效应 |
| 3.3.4 穗长QTL的位置和效应 |
| 3.3.5 株高的QTL位置和效应 |
| 3.3.6 结实率QTL的位置和效应 |
| 3.3.7 剑叶宽QTL的位置和效应 |
| 3.3.8 剑叶长QTL的位置和效应 |
| 3.3.9 穗颈长QTL的位置和效应 |
| 3.3.10 穗粒重QTL的位置和效应 |
| 3.3.11 着粒密度QTL及其位置和效应 |
| 3.3.12 谷粒长QTL及其位置和效应 |
| 3.3.13 谷粒宽QTL及其位置和效应 |
| 3.3.14 谷粒长宽比QTL及其位置和效应 |
| 3.3.15 SSSLs检出的QTL在染色体上的分布 |
| 3.3.16 14个性状检出QTLs在染色体上的分布 |
| 4 讨论与结论 |
| 4.1 讨论 |
| 4.2 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
（9）水稻大螟种群遗传结构研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 大螟的研究概况 |
| 1.1.1 大螟的分布范围 |
| 1.1.2 大螟的寄主及饲养技术 |
| 1.1.3 大螟的生物学及为害特点 |
| 1.1.4 大螟的生理生化及遗传分化研究 |
| 1.1.5 大螟的测报及种群控制 |
| 1.2 种群遗传多样性研究及常用技术 |
| 1.2.1 物种分化概念及影响因素 |
| 1.2.2 种群遗传多样性理论 |
| 1.2.3 分子标记技术在物种分化研究中的应用 |
| 1.3 内共生菌Wolbachia对昆虫线粒体DNA多样性及其进化的影响 |
| 1.4 本论文的研究内容和意义 |
| 第二章 大螟微卫星多态性标记的筛选与分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 供试昆虫 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.1.3 主要仪器 |
| 2.1.4 基因组DNA的提取 |
| 2.1.5 DH5α感受态细胞的制备 |
| 2.1.6 DNA的酶切、连接与杂交 |
| 2.1.7 磁珠富集微卫星序列 |
| 2.1.8 双链恢复PCR |
| 2.1.9 载体的构建与蓝白斑克隆筛选 |
| 2.1.10 微卫星序列的检测与引物设计 |
| 2.1.11 微卫星标记的多态性检测 |
| 2.1.12 数据分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 基因组DNA提取结果 |
| 2.2.2 基因组DNA酶切接头反应结果 |
| 2.2.3 恢复双链PCR结果 |
| 2.2.4 微卫星序列检测结果 |
| 2.2.5 阳性克隆及引物设计 |
| 2.2.6 微卫星序列分类统计结果 |
| 2.2.7 微卫星位点多态性检测结果 |
| 2.2.8 连锁不平衡检测结果 |
| 2.2.9 大螟微卫星位点突变模式初步分析 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 基于微卫星标记的大螟种群遗传结构分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 供试昆虫 |
| 3.1.2 主要试剂及主要仪器 |
| 3.1.3 试验方法 |
| 3.1.4 数据分析 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 群体的遗传多样性 |
| 3.2.2 种群间的遗传分化 |
| 3.2.3 种群遗传结构 |
| 3.2.4 群体遗传结构的分子方差分析 |
| 3.2.5 瓶颈效应的检测 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 基于线粒体基因的大螟种群遗传结构分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 主要试剂和仪器 |
| 4.1.3 试验方法 |
| 4.1.4 序列整理及数据分析 |
| 4.2 结果和分析 |
| 4.2.1 基因片段的序列分析 |
| 4.2.2 大螟中遗传多样性的分析 |
| 4.2.3 大螟种群间遗传多样性的分析 |
| 4.2.4 单倍型系统发育 |
| 4.2.5 种群间基因流 |
| 4.2.6 大螟种群动态历史模拟 |
| 4.2.7 大螟在中国的分布格局 |
| 4.2.8 群口演化历史 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 大螟线粒体基因的遗传多样性 |
| 4.3.2 大螟的群体遗传结构和遗传分化 |
| 4.3.3 大螟种群间的系统发育以及基因流 |
| 4.3.4 大螟的群体演化与起源 |
| 第五章 大螟内共生菌Wolbachia的检测及其对线粒体基因的影响 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 样品采集和DNA提取 |
| 5.1.2 Wolbachia的检测和宿主线粒体DNA的扩增 |
| 5.1.3 数据分析 |
| 5.2 结果 |
| 5.2.1 大螟种群Wolbachia的感染情况 |
| 5.2.2 Wolbachia的系统发育 |
| 5.2.3 Wolbachia的水平传播 |
| 5.2.4 大螟感染的Wolbachia在鳞翅目昆虫感染Wolbachia中的地位 |
| 5.2.5 Wolbachia对大螟线粒体DNA的影响 |
| 5.3 讨论 |
| 第六章 总结与展望 |
| 6.1 研究结论 |
| 6.2 创新点 |
| 6.3 问题与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录Ⅰ GenBank登录序列 |
| 附录Ⅱ 用于大螟种群分析的微卫星等位基因分型截图 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 |
（10）报春苣苔属濒危植物保护生态学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 研究综述 |
| 1.1 中国苦苣苔科植物的系统学研究进展 |
| 1.2 报春苣苔属植物的系统学研究 |
| 1.3 中国苦苣苔科植物的保护生态学研究 |
| 第二章 报春苣苔属花粉形态及其分类学意义 |
| 2.1 材料及方法 |
| 2.1.1 材料的采集 |
| 2.1.2 花粉形态描述及分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 苦苣苔科植物花粉形态 |
| 2.2.2 报春苣苔属植物花粉形态 |
| 2.2.3 聚类分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 苦苣苔科属间关系 |
| 2.3.2 近缘属的花粉形态学 |
| 2.3.3 报春苣苔属的花粉形态学 |
| 第三章 报春苣苔属分子系统学研究与新分类群 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 采样和鉴定 |
| 3.1.2 内类群取样 |
| 3.1.3 外类群选择 |
| 3.1.4 DNA提取 |
| 3.1.5 序列扩增和测序 |
| 3.1.6 系统发育分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 系统发育树 |
| 3.2.2 报春苣苔属内关系 |
| 3.2.3 报春苣苔属一新花序类型 |
| 3.2.4 报春苣苔属新分类群 |
| 第四章 报春苣苔属代表物种转录组学研究 |
| 4.1 研究物种 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 RNA提取与转录测序 |
| 4.2.2 转录组测序结果分析 |
| 4.2.3 直系同源基因 |
| 4.2.4 正选择基因筛选 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 RNA提取结果分析 |
| 4.3.2 转录组测序产量 |
| 4.3.3 转录组组装质量 |
| 4.3.4 EST-SSR特征对比分析 |
| 4.3.5 Unigene功能注释 |
| 4.3.6 正选择基因 |
| 第五章 报春苣苔属三个存疑种系统位置确认 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 转录组测序与分析 |
| 5.1.2 基因家族构建 |
| 5.1.3 系统发育树的构建 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 基因家族 |
| 5.2.2 系统发育树 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 与奇柱苣苔属的关系 |
| 5.3.2 系统修订处理 |
| 第六章 休宁小花苣苔种群转录组学比较研究 |
| 6.1 研究物种 |
| 6.1.1 实验材料详情 |
| 6.1.2 生境环境因子 |
| 6.2 实验方法 |
| 6.2.1 转录组分析方法 |
| 6.2.2 直系同源基因与系统发育树构建 |
| 6.2.3 正选择基因筛选 |
| 6.3 结果与讨论 |
| 6.3.1 RNA提取结果分析 |
| 6.3.2 转录组测序产量 |
| 6.3.3 转录组组装质量 |
| 6.3.4 EST-SSR的频率及分布 |
| 6.3.5 转录组功能学研究 |
| 6.3.6 直系同源基因 |
| 6.3.7 正选择基因 |
| 第七章 文采苣苔种群遗传多样性研究 |
| 7.1 材料和方法 |
| 7.1.1 实验材料采集 |
| 7.1.2 模板提取 |
| 7.1.3 转录组高通量测序和数据分析 |
| 7.1.4 SSR序列查找及引物设计 |
| 7.1.5 SSR引物的筛选和数据分析 |
| 7.1.6 微卫星的扩增及基因分型 |
| 7.1.7 数据分析 |
| 7.2 结果与分析 |
| 7.2.1 种群分布 |
| 7.2.2 SSR引物的开发及特征 |
| 7.2.3 EST-SSR遗传多样性 |
| 7.2.4 种群遗传结构和分化 |
| 7.2.5 有效种群大小及发生变化的时间 |
| 7.3 讨论 |
| 第八章 报春苣苔属植物生境适宜性评价 |
| 8.1 数据与算法 |
| 8.1.1 分布点确定 |
| 8.1.2 数据来源 |
| 8.1.3 评价体系建立 |
| 8.1.4 各个因子标准化 |
| 8.1.5 因子权重确定 |
| 8.1.6 GIS空间分析 |
| 8.2 结果与分析 |
| 8.2.1 采样点数据 |
| 8.2.2 分布区域图 |
| 8.2.3 评价体系 |
| 8.2.4 因子标准化 |
| 8.2.5 因子权重 |
| 8.2.6 综合生境适应性分区 |
| 8.2.7 时空变化矩阵 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 博士期间论文发表情况 |
四、用微卫星标记验证水稻4N×2N早世代群体的稳定性（论文参考文献）
- [1]真菌胁迫响应TaNAC基因和小麦杂种衰亡分子机理研究[D]. 吕士凯. 西北农林科技大学, 2021
- [2]深县猪不同世代间遗传变异的研究[D]. 刘津. 河北农业大学, 2019(01)
- [3]中华绒螯蟹色泽遗传参数评估及色泽形成机制研究[D]. 李清清. 上海海洋大学, 2019(03)
- [4]陆地棉产量和纤维品质性状的杂种优势QTL定位与遗传基础研究[D]. 李聪. 浙江大学, 2018(01)
- [5]甘薯高密度SSR分子连锁图谱的构建及干物质含量相关QTL的定位[D]. 孟羽莎. 中国农业大学, 2018
- [6]大豆新雄性不育细胞质的发掘，核不育基因的定位和产量杂种优势的QTL-等位变异解析[D]. 聂智星. 南京农业大学, 2017(05)
- [7]芒萁克隆种群格局形成的生态过程研究[D]. 刘丽婷. 北京林业大学, 2017(04)
- [8]以尼瓦拉野生稻为供体的单片段代换系的构建及QTLs鉴定[D]. 张喆. 华南农业大学, 2016(03)
- [9]水稻大螟种群遗传结构研究[D]. 汤小天. 扬州大学, 2016(02)
- [10]报春苣苔属濒危植物保护生态学研究[D]. 洪欣. 安徽师范大学, 2016(05)